Sau khi thành lập TP Thủ Đức thuộc TP Hồ Chí Minh, Bộ Tài chính ban hành Công văn số 787 về việc quản lý công tác thuế trên địa bàn thành phố này. Theo đó, giữ nguyên 3 Chi cục Thuế: Chi Cục Thuế quận 2, quận 9 và quận Thủ Đức thuộc Cục Thuế TP.HCM
Để không ảnh hưởng đến công tác thu ngân sách nhà nước và điều hành chỉ đạo thông suốt hoạt động quản lý thuế, Bộ Tài chính yêu cầu trước mắt giữ nguyên hoạt động và tổ chức bộ máy của 3 Chi cục Thuế. Bao gồm: Chi Cục Thuế quận 2, quận 9 và quận Thủ Đức thuộc Cục Thuế TP.HCM để thực hiện quản lý thu thuế trên địa bàn các phường thuộc TP.Thủ Đức.
Phạm vi quản lý thuế của các Chi cục như sau:
- Chi cục thuế quận 2: phường An Khánh, An Lợi Đông, An Phú, Bình Trưng Đông, Bình Trưng Tây, Cát Lái, Thảo Điền, Thạnh Mỹ Lợi và Thủ Thiêm.
- Chi cục thuế quận 9: phường Hiệp Phú, Long Bình, Long Phước, Long Thạnh Mỹ, Long Trường, Phú Hữu, Phước Bình, Phước Long A, Phước Long B, Tăng Nhơn Phú A, Tăng Nhơn Phú B, Tân Phú và Trường Thạnh.
- Chi cục thuế quận Thủ Đức: phường Bình Chiểu, Bình Thọ, Hiệp Bình Chánh, Bình Phước, Linh Chiểu, Linh Đông, Linh Tây, Linh Trung, Linh Xuân, Tam Bình, Tam Phú và Trường Thọ.
Ngoài ra, Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cũng chỉ đạo Cục trưởng Cục Thuế TP Hồ Chí Minh có trách nhiệm phân công 1 chi cục thuế làm đầu mối để tổng hợp chung tình hình quản lý thuế của 3 chi cục thuế và cử lãnh đạo cục thuế phụ trách, điều hành, phối hợp với các đơn vị chức năng của TP Thủ Đức để thực hiện nhiệm vụ liên quan đến quản lý thuế trên địa bàn, đơn vị đầu mối có trách nhiệm báo cáo về tình hình hoạt động quản lý thu thuế trên địa TP Thủ Đức và thực hiện nhiệm vụ phối hợp công tác các cơ quan địa phương và trung ương.
Thời gian triển khai thi hành kể từ ngày 25/1/2021 cho đến khi có văn bản quy định khác của cấp có thẩm quyền về tổ chức bộ máy cơ quan thuế TP Thủ Đức.