Thuật ngữ Quyết toán thuế thường được hiểu là việc Cơ quan quản lý thuế tiến hành trình tự, thủ tục kiểm tra tính chính xác của việc khai quyết toán thuế của doanh nghiệp.

Doanh nghiệp có quyền tự khai, tự nộp, nhưng phải chịu trách nhiệm về việc tự khai tự nộp thuế của mình. Trong trường hợp có sai sót, doanh nghiệp sẽ bị phạt tùy theo mức độ phân loại hành vi theo mức độ nghiêm trọng như là:

• Khai trễ hạn, khai sót nhưng không làm thiếu số thuế phải nộp.
• Khai sót số thuế gây thiếu số thuế phải nộp.
• Khai thiếu số thuế do lỗi cố ý nhưng chưa đến mức trốn thuế.
• Khai sai thuộc hành vi trốn thuế.
• Mỗi hành vi có mức xử phạt khác nhau theo thứ tự từ ít nghiêm trọng đến nghiêm trọng.

Do tính chất tự khai tự nộp trong quản lý thuế, nếu doanh nghiệp phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra quyết toán thuế, thì vẫn được nộp điều chỉnh và không coi hành vi sai sót là hành vi vi phạm.

Do vậy, việc thực hiện rà soát và lập báo cáo tài chính chính xác, đặc biệt là trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra có ý nghĩa cực kỳ quan trọng trong việc giảm chi phí phạt và đảm bảo tuân thủ trách nhiệm của doanh nghiệp và cá nhân người đứng đầu doanh nghiệp.