Quyết định 746/QĐ-TCT về quy trình kiểm tra thuế (Hết hiệu lực từ 14/07/2023)

QUYẾT ĐỊNH

VỀ VIỆC BAN HÀNH QUY TRÌNH KIỂM TRA THUẾ

TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC THUẾ

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 21/11/2012 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Quyết định số 115/2009/QĐ-TTg ngày 28/9/2009 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính;

Căn cứ Quyết định số 109/2009/QĐ-BTC ngày 14/01/2010 của Bộ Tài chính quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức Thanh tra Tổng cục Thuế;

Xét đề nghị của Vụ trưởng Thanh tra Tổng cục Thuế,

QUYẾT ĐỊNH:

Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này Quy trình kiểm tra thuế, thay thế Quyết định số 528/QĐ-TCT ngày 29/5/2008 của Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế về việc ban hành quy trình kiểm tra thuế.

Điều 2. Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký. Thủ trưởng các Vụ, đơn vị tương đương thuộc và trực thuộc Tổng cục Thuế; Cục Trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này./.

QUY TRÌNH

KIỂM TRA THUẾ
(Ban hành kèm theo quyết định số 746/QĐ-TCT ngày 20 tháng 4 năm 2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế).

Phần I

QUY ĐỊNH CHUNG

I. MỤC ĐÍCH

1. Tăng cường công tác kiểm tra thuế theo quy định của Luật quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế trên cơ sở áp dụng cơ chế quản lý rủi ro nhằm phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời những vi phạm về thuế, chống thất thu thuế.

2. Nâng cao tính tự giác tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế trong việc thực hiện kê khai thuế, tính thuế và nộp thuế.

3. Thực hiện cải cách hành chính trong việc kiểm tra thuế, từ đó tránh gây phiền nhiễu và tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế phát triển sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ.

II. PHẠM VI ÁP DỤNG

Quy trình này quy định về trình tự, thủ tục thực hiện công việc kiểm tra thuế trong các trường hợp sau:

– Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế;

– Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế; không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng; hoặc cơ quan thuế không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp (còn gọi là kiểm tra từ hồ sơ khai thuế);

– Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với trường hợp qua phân tích, đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật (còn gọi là kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm);

– Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định (còn gọi là kiểm tra hoàn thuế);

– Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề do thủ trưởng cơ quan quản lý thuế cấp trên quyết định (còn gọi là kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề);

– Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa, đóng mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền (còn gọi là kiểm tra khác).

III. ĐỐI TƯỢNG ÁP DỤNG

Quy trình này áp dụng cho Lãnh đạo cơ quan Thuế, bộ phận kiểm tra thuế, bộ phận quản lý thuế thu nhập cá nhân, người được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thuộc cơ quan thuế các cấp đối với các trường hợp nêu tại Mục II Quy trình này.

Quy trình này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra hóa đơn (kiểm tra hóa đơn được thực hiện theo Quyết định số 381/QĐ-TCT ngày 31/3/2011 của Tổng cục Thuế ban hành kèm theo Quy trình kiểm tra hóa đơn).

IV. GIẢI THÍCH TỪ NGỮ

Những từ ngữ sử dụng trong quy trình được hiểu như sau:

1. Bộ phận kiểm tra thuế là bộ phận được giao nhiệm vụ thực hiện công tác kiểm tra thuế; trực tiếp kiểm tra hồ sơ khai thuế; kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, bao gồm: Bộ phận thanh tra thuế; bộ phận kiểm tra thuế; bộ phận quản lý thuế thu nhập cá nhân các cấp của Cơ quan Thuế.

2. Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế: Vụ trưởng, Phó vụ trưởng, trưởng phòng, phó trưởng phòng tại Thanh tra Tổng cục Thuế; Vụ Quản lý thuế thu nhập cá nhân; Trưởng phòng, Phó trưởng phòng kiểm tra; Trưởng phòng, Phó trưởng phòng quản lý thuế thu nhập cá nhân thuộc Cục Thuế các tỉnh, thành phố; Đội trưởng, Phó đội trưởng Đội kiểm tra, Đội trưởng, Phó đội trưởng Đội quản lý thuế thu nhập cá nhân thuộc Chi cục Thuế các quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh.

3. Lãnh đạo cơ quan thuế: Tổng cục trưởng, các Phó Tổng cục trưởng; Cục trưởng; các Phó Cục trưởng; Chi cục trưởng; các Phó chi cục trưởng.

4. Cơ quan thuế: Tổng cục Thuế, Cục Thuế và Chi cục Thuế;

5. Người được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế là công chức thuộc biên chế cơ quan thuế các cấp được giao thực hiện nhiệm vụ kiểm tra thuế, kiểm tra hồ sơ khai thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

V. MỘT SỐ YÊU CẦU ĐỐI VỚI CÔNG CHỨC KIỂM TRA HỒ SƠ KHAI THUẾ

1. Áp dụng các phần mềm tin học để hỗ trợ kiểm tra các loại hồ sơ khai thuế được giao mà người nộp thuế gửi đến cơ quan Thuế. Trong trường hợp ứng dụng công nghệ thông tin chưa đáp ứng công tác kiểm tra thuế thì cơ quan thuế bố trí công chức trực tiếp kiểm tra thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.

2. Chịu trách nhiệm về trình tự, thủ tục và kết quả kiểm tra đối với các trường hợp được giao.

3. Nắm bắt kịp thời và triển khai áp dụng các ứng dụng công nghệ thông tin của ngành vào công tác kiểm tra thuế.

4. Giữ bí mật thông tin về kết quả kiểm tra thuế trừ các trường hợp công khai thông tin vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế theo quy định tại Điều 73, Điều 74 Luật Quản lý thuế và Điều 72 Luật xử lý vi phạm hành chính số 15/2012/QH13 ngày 20/6/2012.

Phần II

NỘI DUNG QUY TRÌNH

I. KIỂM TRA HỒ SƠ KHAI THUẾ TẠI TRỤ SỞ CƠ QUAN THUẾ

1. Cập nhật dữ liệu, thông tin vào các phần mềm, ứng dụng công nghệ thông tin cho công tác kiểm tra

– Bộ phận kiểm tra, công chức làm công tác kiểm tra và bộ phận có liên quan cập nhật kịp thời, đầy đủ các thông tin, dữ liệu của người nộp thuế vào ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra (TTR); ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế (TPR)… hệ thống dữ liệu của ngành.

– Bộ phận kiểm tra thuế và công chức kiểm tra thuế sử dụng dữ liệu kê khai thuế của người nộp thuế và những dữ liệu thông tin của người nộp thuế đã được cập nhật vào hệ thống dữ liệu của ngành để phục vụ cho việc kiểm tra các hồ sơ khai thuế người nộp thuế gửi đến cơ quan thuế.

– Thủ trưởng cơ quan phụ trách công tác kiểm tra có trách nhiệm thường xuyên nắm bắt và đôn đốc bộ phận kiểm tra, công chức làm công tác kiểm tra thực hiện nghiêm túc các công việc trên nhằm mục đích triển khai tốt công tác quản lý, kiểm tra thuế theo cơ chế quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

2. Kiểm tra hồ sơ khai thuế

2.1. Nguyên tắc kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế

– Các loại hồ sơ khai thuế theo tháng, quí và năm (gọi chung là hồ sơ khai thuế) người nộp thuế gửi đến cơ quan thuế đều được kiểm tra thường xuyên theo quy định tại Điều 77, Luật Quản lý thuế và kiểm tra theo cơ chế quản lý rủi ro quy định tại khoản 4, Điều 1, Luật bổ sung sửa đổi một số điều của Luật quản lý thuế.

– Hồ sơ khai thuế phải kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế bao gồm tất cả hồ sơ khai thuế của tổ chức gửi đến cơ quan thuế trừ: hồ sơ khai thuế của tổ chức kê khai thuế theo phương pháp trực tiếp; hồ sơ khai thuế nộp tiền thuế sử dụng đất khi được giao đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp; thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, tiền thuê đất; thuế môn bài; lệ phí trước bạ; phí và các loại lệ phí khác.

– Đối với các trường hợp đóng mã số thuế nhà thầu, mã số thuế chi nhánh nếu chưa phát sinh hoạt động sản xuất kinh doanh thì có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế ghi nhận biên bản và tiến hành các thủ tục đóng mã số thuế theo quy định.

– Đối với các loại hồ sơ khai thuế gửi đến cơ quan thuế đã có phần mềm tin học hỗ trợ kiểm tra thì áp dụng các phần mềm ứng dụng tin học của ngành thuế để kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của các thông tin và kịp thời phát hiện rủi ro trong các hồ sơ khai thuế.

2.2. Trình tự kiểm tra hồ sơ khai thuế

2.2.1. Trình tự kiểm tra bằng phương pháp thủ công.

– Lựa chọn danh sách người nộp thuế để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế tối thiểu là 20% số lượng doanh nghiệp hoạt động đang quản lý thuế như sau:

+ Từ 15% số lượng người nộp thuế trở lên lựa chọn bằng ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế theo rủi ro (TPR);

+ Từ 5 % số lượng người nộp thuế trở lên lựa chọn qua thực tiễn quản lý thuế tại địa phương có rủi ro cao, có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế, khai sai số thuế phải nộp.

Danh sách người nộp thuế được lựa chọn theo rủi ro nêu trên để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế không trùng lắp với danh sách kế hoạch thanh tra và kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra. Danh sách này phải được trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế trước ngày 20 tháng 12 hàng năm và Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt trước ngày 30 tháng 12 hàng năm.

Danh sách người nộp thuế để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế có thể bổ sung, điều chỉnh hàng quý hoặc 6 tháng tùy thuộc vào thực tiễn phát sinh và phát hiện các hành vi vi phạm về thuế tại địa phương. Việc bổ sung, điều chỉnh danh sách người nộp thuế do Thủ trưởng cơ quan thuế trực tiếp quản lý quyết định.

– Căn cứ vào danh sách số lượng người nộp thuế phải kiểm tra hồ sơ khai thuế, trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế giao nhiệm vụ cụ thể số lượng người nộp thuế phải kiểm tra hồ sơ thuế cho từng công chức kiểm tra thuế.

Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra thuế có trách nhiệm kiểm tra tất cả các loại hồ sơ khai thuế bao gồm: Hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh; các loại hồ sơ khai thuế theo tháng; các loại hồ sơ khai thuế theo quý; các loại hồ sơ khai thuế theo năm của người nộp thuế được giao.

– Kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số thuế phải nộp; số tiền thuế được miễn, giảm; số tiền hoàn thuế… theo phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:

+ Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế.

+ Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo (nếu có).

+ Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) với tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) tháng trước, quý trước, năm trước.

+ Đối chiếu với các dữ liệu của người nộp thuế có quy mô kinh doanh tương đương, có cùng ngành nghề, mặt hàng đăng ký kinh doanh.

+ Đối chiếu với các thông tin, tài liệu thu thập được từ các nguồn khác (nếu có).

– Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra thuế phải nhận xét hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/QTKT kèm theo quy trình này:

+ Đối với các hồ sơ khai thuế khai đầy đủ chỉ tiêu; đảm bảo tính hợp lý, chính xác của các thông tin, tài liệu; chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro thì bản nhận xét hồ sơ khai thuế được lưu lại cùng với hồ sơ khai thuế.

+ Đối với các hồ sơ khai thuế qua đối chiếu, so sánh, phân tích xét thấy có nội dung khai chưa đúng, số liệu khai không chính xác hoặc có những nội dung cần xác minh liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn… công chức kiểm tra thuế phải báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo bằng văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.

2.2.2. Trình tự kiểm tra bằng phần mềm ứng dụng.

– Kiểm tra các căn cứ tính thuế liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp; số tiền thuế được miễn, giảm; số tiền hoàn thuế.

+ Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra sử dụng phần mềm ứng dụng kiểm tra hồ sơ khai thuế để kiểm tra gán điểm cho từng tiêu chí; theo đó ứng dụng sắp xếp người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) theo từng tiêu chí rủi ro và đưa ra nhận xét, cảnh báo đối với từng tiêu chí; đồng thời ứng dụng sắp xếp người nộp thuế theo mức độ rủi ro tổng thể của toàn bộ tiêu chí theo thứ tự từ rủi ro cao đến rủi ro thấp giúp cho việc phân loại người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) theo mức độ rủi ro về thuế. Riêng đối với thuế thu nhập cá nhân thì áp dụng phần mềm quản lý thuế TNCN để phát hiện rủi ro trong hồ sơ khai thuế TNCN, cá nhân có thu nhập từ 2 nơi trở lên chưa được khấu trừ thuế, không tự quyết toán thuế theo quy định.

+ Công chức kiểm tra in danh sách người nộp thuế sắp xếp theo mức độ rủi ro và in nhận xét, cảnh báo rủi ro đối với từng người nộp thuế trên hệ thống.

– Bản nhận xét (cảnh báo rủi ro) của từng người nộp thuế được in ra từ hệ thống, công chức kiểm tra tiếp tục xem xét, đối chiếu hồ sơ khai thuế để bổ sung nhận xét (nếu có) vào mẫu số 01/QTKT kèm theo quy trình này:

+ Đối với người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) chưa phát hiện rủi ro, chưa có dấu hiệu vi phạm thì công chức kiểm tra in danh sách người nộp thuế chưa có rủi ro từ hệ thống và trình trưởng bộ phận kiểm tra ký duyệt để lưu hồ sơ kiểm tra.

+ Đối với người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) có rủi ro thấp thì công chức kiểm tra in nhận xét hồ sơ khai thuế để trình trưởng bộ phận kiểm tra ký lưu hồ sơ mà không phải ban hành thông báo, trừ trường hợp có chỉ đạo của trưởng bộ phận kiểm tra, thủ trưởng cơ quan thuế hoặc có những dấu hiệu nghi vấn cần phải làm rõ.

+ Đối với người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) có rủi ro cao và rủi ro vừa: bản nhận xét hồ sơ khai thuế có cảnh báo rủi ro về thuế thì công chức kiểm tra thuế in thông báo người nộp thuế theo thứ tự rủi ro cao đến rủi ro vừa để báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình thủ trưởng cơ quan Thuế ký thông báo đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

2.3. Xử lý kết quả kiểm tra hồ sơ khai thuế.

a) Xử lý sau khi ban hành thông báo

a.1) Thời hạn người nộp thuế phải giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu được ghi trong thông báo không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận thông báo của cơ quan Thuế hoặc hồi báo (nếu gửi qua đường bưu điện).

a.2) Người nộp thuế có thể gửi văn bản giải trình hoặc trực tiếp đến làm việc tại trụ sở cơ quan thuế. Trường hợp người nộp thuế trực tiếp đến cơ quan Thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của cơ quan Thuế, công chức kiểm tra thuế phải lập biên bản làm việc theo mẫu số 02/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

a.3) Sau khi người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu đầy đủ theo yêu cầu của cơ quan thuế và chứng minh số thuế đã khai là đúng thì công chức kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt để lưu hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu cùng với hồ sơ kiểm tra.

a.4) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà không đủ căn cứ chứng minh số thuế đã khai là đúng thì công chức kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế phát hành thông báo yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung (theo mẫu số 02/QTKT ban hành kèm theo quy trình này). Thời hạn khai bổ sung là mười ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế có thông báo yêu cầu khai bổ sung.

a.5) Hết thời hạn theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế:

– Quyết định ấn định số thuế phải nộp theo mẫu Quyết định số 01/AĐTH ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính; hoặc

– Quyết định kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế trong trường hợp không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp. Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

b) Thủ tục hành chính khi công chức kiểm tra thuế báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan Thuế ra thông báo giải trình (bổ sung thông tin tài liệu) hoặc Quyết định ấn định thuế như sau

b.1) Thủ tục trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, thông báo khai bổ sung:

– Thông báo (Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu), phải có tờ trình và kèm theo các tài liệu:

+ Dự thảo thông báo;

+ Bản nhận xét kết quả kiểm tra;

+ Hồ sơ khai thuế.

– Thông báo khai bổ sung phải có tờ trình và kèm theo các tài liệu:

+ Dự thảo thông báo khai bổ sung;

+ Bản giải trình hoặc các thông tin tài liệu của người nộp thuế bổ sung theo thông báo lần thứ nhất hoặc biên bản làm việc (đối với trường hợp người nộp thuế trực tiếp đến cơ quan Thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu).

+ Toàn bộ hồ sơ trình theo thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.

b.2) Hồ sơ trình Quyết định ấn định số thuế phải nộp gồm:

– Tờ trình nêu rõ các căn cứ để ấn định số thuế phải nộp.

– Dự thảo thông báo ấn định số thuế phải nộp.

– Các tài liệu kèm theo thông báo giải trình, bổ sung hồ sơ và thông báo yêu cầu khai bổ sung thuế.

II. KIỂM TRA TẠI TRỤ SỞ CỦA NGƯỜI NỘP THUẾ

1. Nguyên tắc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

1.1. Hằng năm cơ quan thuế cấp trên giao nhiệm vụ kiểm tra thuế cho cơ quan thuế cấp dưới với số lượng người nộp thuế dựa trên tiêu chí tỷ lệ số người nộp thuế hoạt động đang quản lý thuế cho 5 (năm) trường hợp: kiểm tra từ hồ sơ khai thuế; kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm; kiểm tra hoàn thuế; kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề; và kiểm tra khác.

1.2. Đối với trường hợp kiểm tra theo kế hoạch và kiểm tra theo chuyên đề, kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 1 lần trong một năm.

1.3. Đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế, trường hợp kiểm tra theo kế hoạch và kiểm tra theo chuyên đề, trước khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình, cung cấp thông tin tài liệu như trường hợp kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế (nếu cần thiết).

1.4. Đối với trường hợp kiểm tra người nộp thuế chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa, đóng mã số thuế (kể cả đóng mã số thuế nhà thầu), chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền được áp dụng linh hoạt các hình thức kiểm tra từ hồ sơ khai thuế, hoặc kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm, hoặc kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề quy định tại các văn bản hướng dẫn thi hành.

1.5. Đối với các loại hồ sơ khai thuế: Thuế nhà thầu nước ngoài; tổ chức kê khai theo phương pháp trực tiếp; nộp tiền thuế sử dụng đất khi được giao đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp; thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, tiền thuê đất; thuế môn bài; lệ phí trước bạ; phí và các loại lệ phí khác việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện trên cơ sở rủi ro về thuế.

1.6. Nội dung kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế cho từng trường hợp cụ thể như sau:

 – Trường hợp kiểm tra từ hồ sơ khai thuế là các khoản mục người nộp thuế không giải trình hoặc không khai bổ sung sau thời hạn thông báo của cơ quan thuế;

– Trường hợp kiểm tra hoàn thuế là số thuế đề nghị hoàn hoặc số thuế đã được hoàn theo quyết định của cơ quan thuế;

– Trường hợp kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm là các nội dung, khoản mục có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế;

– Trường hợp kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề là nội dung có dấu hiệu rủi ro qua phân tích chuyên sâu hồ sơ khai thuế (tối thiểu là một năm) của người nộp thuế;

– Đối với trường hợp kiểm tra người nộp thuế chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa, đóng mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền là nội dung kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế.

1.7. Xử lý chồng chéo trong hoạt động kiểm tra

– Kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra hàng năm của cơ quan thuế cấp dưới nếu có sự chồng chéo với kế hoạch kiểm tra, thanh tra của cơ quan cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của cơ quan cấp trên.

– Trường hợp hoạt động kiểm tra tại địa phương có sự trùng lặp về đối tượng kiểm tra với kế hoạch thanh tra, kiểm tra về thuế của Thanh tra tỉnh, Sở Tài chính, cơ quan thanh tra địa phương thì Cục trưởng Cục Thuế phối hợp với Chánh Thanh tra tỉnh, Giám đốc Sở Tài chính để xử lý; báo cáo Tổng cục Trưởng xem xét quyết định khi cần thiết.

2. Lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra

2.1. Nguyên tắc lập kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra

– Áp dụng phần mềm ứng dụng rủi ro để lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra;

– Các bước lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra được thực hiện như hướng dẫn tại quy trình thanh tra thuế;

– Số lượng người nộp thuế đưa vào kế hoạch, chuyên đề hàng năm phải đạt tối thiểu 60% số người nộp thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra hàng năm (nhiệm vụ kiểm tra hàng năm đã nêu tại Khoản 1.1, Điểm 1, Mục II, Phần B quy trình này).

– Việc lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra phải giao cho một bộ phận (Phòng hoặc Đội) chịu trách nhiệm làm đầu mối để tổng hợp, báo cáo và trình Thủ trưởng cơ quan Thuế phê duyệt kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra.

2.2. Lập kế hoạch kiểm tra

a) Xây dựng kế hoạch kiểm tra

– Căn cứ yêu cầu nhiệm vụ công tác của ngành thuế, Tổng cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch kiểm tra trước ngày 15 tháng 10 hàng năm; Cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch kiểm tra trước ngày 01 tháng 11 hàng năm.

– Việc lập kế hoạch kiểm tra phải theo nguyên tắc phân tích đánh giá rủi ro trên cơ sở ứng dụng phần mềm quản lý rủi ro được Tổng cục Thuế ban hành thực hiện thống nhất; đồng thời căn cứ thực tiễn quản lý thuế tại địa phương lựa chọn người nộp thuế có rủi ro để đưa vào kế hoạch kiểm tra thuế.

– Kế hoạch kiểm tra hàng năm phải cân đối trên cơ sở nguồn nhân lực của hoạt động kiểm tra; số lượng thực tế người nộp thuế và tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, để xác định danh sách các đối tượng cần kiểm tra.

– Người nộp thuế đưa vào kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra được lựa chọn như sau:

+ Lựa chọn trên phần mềm ứng dụng TPR: Đạt từ 80% – 85% số lượng người nộp thuế thuộc danh sách người nộp thuế sắp xếp theo mức độ rủi ro trên ứng dụng TPR (sau khi đã lựa chọn đưa vào kế hoạch thanh tra thuế); việc lựa chọn người nộp thuế đưa vào kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra phải thực hiện rà soát, chọn lọc và loại trừ những người nộp thuế có rủi ro thấp, đồng thời bổ sung người nộp thuế có rủi ro cao phù hợp với tiêu chí rủi ro về thuế tại địa phương.

+ Lựa chọn người nộp thuế từ thực tiễn quản lý thuế tại địa phương: Đạt 15% – 20% số lượng người nộp thuế có rủi ro cao, có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế, khai sai số thuế phải nộp qua thực tiễn quản lý thuế tại địa phương.

– Kế hoạch kiểm tra bao gồm các nội dung chủ yếu sau đây: danh sách tên, mã số thuế, địa chỉ của các đối tượng kiểm tra; nội dung kiểm tra; chuyên đề kiểm tra, thời gian dự kiến kiểm tra (Mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

b) Phê duyệt, điều chỉnh kế hoạch kiểm tra hàng năm

– Cục thuế lập danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch kiểm tra của mình gửi đến Tổng cục Thuế chậm nhất vào ngày 25 tháng 11 hàng năm.

– Tổng cục trưởng phê duyệt kế hoạch kiểm tra của Cục thuế trước ngày 15 tháng 12 hàng năm.

– Chi cục Thuế lập danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch kiểm tra gửi đến Cục Thuế trước ngày 05 tháng 12 hàng năm.

– Cục trưởng Cục Thuế phê duyệt Kế hoạch kiểm tra của Chi cục Thuế trước ngày 20 tháng 12 hàng năm.

– Kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt khi cần điều chỉnh phải được Thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch kiểm tra quyết định việc điều chỉnh. Kế hoạch được điều chỉnh nếu thuộc các trường hợp sau: Theo chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hoặc Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên, hoặc đề xuất của cơ quan được giao nhiệm vụ kế hoạch kiểm tra.

– Trường hợp đến cuối năm tài chính các cơ quan quản lý thuế chưa thực hiện kiểm tra hết các đối tượng kiểm tra trong kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt thì các đối tượng kiểm tra còn lại chưa kiểm tra hết phải ưu tiên chuyển sang kế hoạch kiểm tra năm sau liền kề.

2.3. Lựa chọn kiểm tra theo chuyên đề

a) Các trường hợp kiểm tra theo chuyên đề gồm:

– Trường hợp kiểm tra theo chuyên đề do cơ quan quản lý thuế cấp trên chủ trì giao cho cơ quan quản lý thuế cấp dưới thực hiện hoặc phối hợp thực hiện.

– Trường hợp kiểm tra theo chuyên đề riêng được cơ quan quản lý thuế cấp dưới chủ động xây dựng trình cơ quan quản lý thuế cấp trên phê duyệt.

b) Xây dựng kế hoạch kiểm tra chuyên đề hàng năm

– Việc xây dựng kế hoạch kiểm tra chuyên đề hàng năm tiến hành đồng thời với xây dựng kế hoạch kiểm tra hàng năm quy định tại điểm 1, mục II nêu trên.

– Báo cáo xây dựng mỗi chuyên đề kiểm tra gồm các nội dung: Mục tiêu, nội dung cụ thể của chuyên đề; thời gian dự kiến thực hiện chuyên đề; danh sách tên mã số thuế, địa chỉ của người nộp thuế thuộc chuyên đề (Mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

– Số lượng người nộp thuế kiểm tra theo các chuyên đề được tổng hợp chung vào số lượng người nộp thuế trong kế hoạch kiểm tra hàng năm của mỗi cơ quan quản lý thuế.

– Thẩm quyền, thời gian phê duyệt chuyên đề kiểm tra hàng năm thực hiện theo các quy định đối với kế hoạch kiểm tra quy định tại điểm 1, mục II nêu trên.

– Việc điều chỉnh chuyên đề kiểm tra đã được phê duyệt trong các trường hợp:

+ Điều chỉnh danh sách các người nộp thuế thuộc chuyên đề; dừng thực hiện chuyên đề.

+ Trong quá trình thực hiện công tác quản lý thuế, cơ quan thuế căn cứ vào yêu cầu tình hình thực tế, đặc thù riêng của địa bàn quản lý và nguồn nhân lực của hoạt động kiểm tra, xét thấy cần thiết xây dựng bổ sung chuyên đề kiểm tra mới.

Các trường hợp này được thực hiện điều chỉnh không quá một lần trong năm, thời gian đề nghị điều chỉnh chậm nhất trước ngày 30/9 hàng năm và phải được Thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền phê duyệt quyết định việc điều chỉnh.

2.4. Hồ sơ trình phê duyệt và điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề

– Thuyết minh nêu rõ căn cứ lập kế hoạch (điều chỉnh kế hoạch), căn cứ lựa chọn chuyên đề (điều chỉnh chuyên đề); mục tiêu và kết quả mang lại; nội dung kế hoạch và nội dung chuyên đề.

– Danh sách người nộp thuế kiểm tra theo kế hoạch, theo chuyên đề (kèm theo Mẫu số 03/QTKT).

3. Chuẩn bị kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

3.1. Ban hành quyết định kiểm tra

a) Trường hợp qua kiểm tra hồ sơ khai thuế tại điểm 2.2, mục I nêu trên mà không đủ cơ sở để ấn định thuế thì ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Hồ sơ trình ban hành quyết định kiểm tra gồm

– Tờ trình nêu rõ lý do phải kiểm tra; nội dung kiểm tra được ghi cụ thể kiểm tra vấn đề gì.

– Dự thảo quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC

– Các tài liệu kèm theo thông báo giải trình, bổ sung hồ sơ và thông báo yêu cầu khai bổ sung thuế.

b) Trường hợp qua phân tích, đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

Phân tích, đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế căn cứ trên cơ sở dữ liệu hiện có khi xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, cơ quan thuế thực hiện ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Hồ sơ trình ban hành quyết định kiểm tra gồm

– Tờ trình nêu rõ lý do phải kiểm tra; nội dung kiểm tra được ghi cụ thể kiểm tra vấn đề gì.

– Dự thảo quyết định kiểm tra thuế (như đã nêu trên)

– Các tài liệu phân tích rủi ro kèm theo (kèm theo Mẫu số 04/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

c) Trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định.

Căn cứ phân loại hồ sơ kiểm tra trước khi hoàn thuế quy định tại điểm 2 Điều 41 và kiểm tra sau hoàn thuế tại điểm 4, Điều 41 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế cơ quan thuế thực hiện ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Hồ sơ trình ban hành quyết định kiểm tra gồm

– Tờ trình nêu rõ lý do phải kiểm tra; nội dung kiểm tra được ghi cụ thể kiểm tra vấn đề gì.

– Dự thảo quyết định kiểm tra thuế (như đã nêu trên).

– Hồ sơ đề nghị hoàn thuế (đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau) hoặc hồ sơ giải quyết hoàn thuế (đối với trường hợp kiểm tra sau hoàn thuế).

– Các tài liệu phân tích rủi ro kèm theo (nếu có).

d) Kiểm tra đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề hoặc trường hợp sáp nhập, chia tách, giải thể, phá sản, cổ phần hóa doanh nghiệp và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền.

Căn cứ vào kế hoạch, chuyên đề kiểm tra đã được duyệt, các trường hợp phát sinh sáp nhập, chia tách, giải thể, phá sản, cổ phần hóa doanh nghiệp và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền trưởng Bộ phận kiểm tra phân công công chức thu thập, nghiên cứu, phân tích các thông tin chuyên sâu về người nộp thuế được kiểm tra (Mẫu số 04/QTKT ban hành kèm theo quy trình này) để ban hành quyết định kiểm tra.

Hồ sơ trình ban hành quyết định kiểm tra gồm

– Tờ trình nêu rõ lý do phải kiểm tra; nội dung kiểm tra được ghi cụ thể kiểm tra vấn đề gì.

– Dự thảo quyết định kiểm tra thuế (như đã nêu trên).

– Các tài liệu phân tích (kèm theo Mẫu số 04/QTKT ban hành kèm theo quy trình này) kèm theo kế hoạch, chuyên đề kiểm tra đã được phê duyệt hoặc công văn đề nghị kiểm tra quyết toán thuế đối với trường hợp sáp nhập, chia tách giải thể, phá sản, cổ phần hóa doanh nghiệp và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền.

3.2. Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được gửi ngay cho bộ phận kê khai và kế toán thuế và gửi cho người nộp thuế chậm nhất là ba ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định.

3.3. Trước khi công bố quyết định kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải phân công các thành viên trong đoàn thực hiện kiểm tra từng phần việc theo nội dung ghi trong quyết định kiểm tra (theo Mẫu số 05/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

3.4. Trường hợp bãi bỏ quyết định kiểm tra hoặc hoãn kiểm tra hoặc xử lý vi phạm do từ chối nhận quyết định kiểm tra.

a) Bãi bỏ quyết định kiểm tra trong các trường hợp sau:

– Đối với trường hợp kiểm tra tại điểm 2, mục 1 nêu trên, trước thời điểm tiến hành kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế mà người nộp thuế chứng minh được số thuế khai là đúng thì trong thời hạn 5 ngày làm việc Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan Thuế ra quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế.

– Cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra những người nộp thuế đã bỏ kinh doanh; hoặc người đại diện người nộp thuế vắng mặt trong thời gian dài bởi lý do bất khả kháng; hoặc văn phòng đại diện của thương nhân nước ngoài đã chấm dứt hoạt động hoặc chưa chấm dứt hoạt động nhưng không còn liên lạc với cơ quan quản lý nhà nước sau khi có xác minh; hoặc các cơ quan điều tra, cơ quan thanh tra đang điều tra, thanh tra doanh nghiệp.

– Hồ sơ trình bãi bỏ quyết định kiểm tra thuế gồm:

+ Tờ trình nêu rõ lý do bãi bỏ quyết định kiểm tra thuế.

+ Dự thảo quyết định bãi bỏ quyết định kiểm tra thuế (mẫu số 19/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính).

+ Các tài liệu của người nộp thuế chứng minh được số thuế khai là đúng.

b) Hoãn kiểm tra.

Trường hợp khi nhận được Quyết định kiểm tra, người nộp thuế đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra thì phải có văn bản gửi cơ quan thuế nêu rõ lý do và thời gian hoãn để xem xét quyết định. Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hoãn thời gian kiểm tra, cơ quan thuế thông báo (Mẫu số 06/QTKT ban hành kèm theo quy trình này) cho người nộp thuế biết về việc chấp nhận hay không chấp nhận việc hoãn thời gian kiểm tra. Việc chấp nhận hoãn quyết định kiểm tra chỉ được tiến hành 1 lần với thời gian hoãn không quá 3 tháng.

c) Xử lý vi phạm đối với trường hợp người nộp thuế từ chối nhận quyết định kiểm tra thuế.

Trường hợp người nộp thuế vẫn đang hoạt động kinh doanh bình thường vẫn thực hiện kê khai thuế, khi cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra nhưng người nộp thuế từ chối nhận quyết định kiểm tra, hoặc cố tình trốn tránh không nhận quyết định kiểm tra thì công chức kiểm tra phải lập biên bản để xử phạt vi phạm hành chính theo khoản 1, Điều 11, Thông tư số 166/2013/TT-BTC ngày 15/11/2013 của Bộ Tài chính.

Biên bản vi phạm hành chính được lập, nếu người vi phạm, đại diện đơn vị vi phạm không có mặt hoặc cố tình trốn tránh hoặc vì lý do khách quan mà không ký vào biên bản thì biên bản phải có chữ ký của đại diện chính quyền cơ sở nơi xảy ra vi phạm hoặc của 2 người chứng kiến.

4. Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

4.1. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được tiến hành chậm nhất là 10 ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra thuế. Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố quyết định kiểm tra thuế và giải thích nội dung kiểm tra theo quyết định. Sau khi công bố quyết định kiểm tra, Đoàn kiểm tra thuế và người nộp thuế phải có biên bản xác định thời gian và nội dung công bố quyết định kiểm tra theo Mẫu số 05/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

4.2. Các thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện phần công việc theo sự phân công của Trưởng đoàn kiểm tra và chịu trách nhiệm về phần công việc được giao. Kết thúc phần việc được giao, thành viên đoàn kiểm tra phải lập biên bản xác định số liệu kiểm tra với đại diện người nộp thuế (Mẫu số 07/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

4.3. Trong quá trình thực hiện kiểm tra, Đoàn kiểm tra được quyền kiểm tra tài sản, vật tư, hàng hóa, xem xét chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế. Đối với những thông tin, tài liệu, số liệu người nộp thuế đã nộp cho cơ quan thuế theo quy định hiện hành như: Tài liệu, hồ sơ về đăng ký, kê khai nộp thuế báo cáo sử dụng hóa đơn,… thì đoàn kiểm tra không yêu cầu người nộp thuế cung cấp mà khai thác, tra cứu tại cơ quan thuế để phục vụ cho việc kiểm tra.

Trường hợp người nộp thuế thực hiện kế toán trên máy vi tính bằng phần mềm kế toán (đáp ứng quy định tại Thông tư 103/2005/TT-BTC ngày 24/11/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn tiêu chuẩn và điều kiện của phần mềm kế toán) thì đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán được lưu trữ trên các dữ liệu điện tử đọc được bằng các phần mềm văn phòng thông dụng, có nội dung như bản người nộp thuế đã in ra để lưu trữ theo quy định, mà không yêu cầu in ra giấy.

Trường hợp cần phải tạm giữ tiền, đồ vật, giấy phép liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan Thuế có quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tiền, đồ vật, giấy phép liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của Luật quản lý thuế.

4.4. Trưởng đoàn kiểm tra và các thành viên trong đoàn kiểm tra không được yêu cầu người nộp thuế cung cấp các thông tin tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra; thông tin tài liệu thuộc bí mật của Nhà nước, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

4.5. Trường hợp trong thời gian kiểm tra, người nộp thuế tự phát hiện và nộp số tiền thuế khai sai hoặc gian lận vào ngân sách nhà nước thì Đoàn kiểm tra ghi nhận chứng từ nộp tiền, số tiền thuế đã nộp vào biên bản để xử lý vi phạm theo quy định của Luật quản lý thuế.

4.6. Thời hạn kiểm tra tại trụ sở của Người nộp thuế không quá 5 ngày làm việc thực tế, kể từ ngày bắt đầu công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Trong trường hợp xét thấy cần phải kéo dài thời gian để xác minh, thu thập tài liệu, chứng cứ thì chậm nhất là trước một ngày kết thúc thời hạn kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan Thuế để có quyết định bổ sung thời hạn kiểm tra (theo Mẫu số 18/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC). Mỗi cuộc kiểm tra chỉ được bổ sung thêm thời hạn kiểm tra một lần. Thời gian bổ sung không quá 5 (năm) ngày làm việc thực tế.

4.7. Trong thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phát sinh trường hợp bất khả kháng phải tạm dừng kiểm tra thì người nộp thuế phải có văn bản đề nghị nêu rõ lý do tạm dừng, thời gian tạm dừng. Theo đó, trưởng đoàn kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành thông báo về việc tạm dừng kiểm tra.

Trường hợp phải tạm dừng bởi lý do bất khả kháng từ cơ quan thuế thì trưởng đoàn kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành thông báo về việc tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.

4.8. Trường hợp người nộp thuế không chấp hành quyết định kiểm tra thuế quá thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày phải chấp hành quyết định của cơ quan có thẩm quyền hoặc từ chối, trì hoãn, trốn tránh việc cung cấp hồ sơ tài liệu hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế quá thời hạn 06 (sáu) giờ làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền trong thời gian kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.

Việc xử phạt vi phạm hành chính được thực hiện thông qua biên bản vi phạm hành chính có chữ ký của người nộp thuế hoặc đại diện người nộp thuế. Trường hợp người vi phạm, đại diện đơn vị vi phạm không có mặt hoặc cố tình trốn tránh hoặc vì lý do khách quan mà không ký vào biên bản thì biên bản phải có chữ ký của đại diện chính quyền cơ sở nơi xảy ra vi phạm hoặc của 2 người chứng kiến.

5. Lập biên bản kiểm tra

5.1. Biên bản kiểm tra thuế phải được lập theo Mẫu số 04/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính. Căn cứ để lập biên bản kiểm tra là số liệu và tình hình được phản ánh trong biên bản kiểm tra từng phần việc mà Trưởng đoàn kiểm tra đã giao cho từng thành viên trong đoàn thực hiện.

5.2. Biên bản kiểm tra gồm các nội dung chính như sau:

– Các căn cứ pháp lý để thiết lập biên bản.

– Mô tả diễn biến của sự việc theo nội dung đã kiểm tra. Nêu kết quả số liệu của Đoàn kiểm tra so với số liệu kê khai, báo cáo của người nộp thuế; giải thích lý do, nguyên nhân có sự chênh lệch.

– Kết luận về từng nội dung đã tiến hành kiểm tra, xác định số thuế phải nộp tăng thêm qua kiểm tra, xác định hành vi, mức độ vi phạm và đề xuất xử lý vi phạm theo thẩm quyền. Kiến nghị biện pháp xử lý không thuộc thẩm quyền của đoàn kiểm tra.

5.3. Biên bản kiểm tra được lập căn cứ vào kết quả tại các biên bản xác nhận số liệu của các thành viên đoàn kiểm tra và phải được thống nhất trong Đoàn kiểm tra trước khi công bố công khai với người nộp thuế. Nếu có thành viên trong Đoàn không thống nhất thì Trưởng đoàn kiểm tra có quyền quyết định và chịu trách nhiệm về nội dung Biên bản kiểm tra. Trong trường hợp này, thành viên trong đoàn kiểm tra có quyền bảo lưu số liệu theo biên bản từng phần việc được giao.

5.4. Trong thời hạn 5 (năm) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc thời hạn kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải công bố công khai Biên bản kiểm tra trước người nộp thuế và các thành viên trong Đoàn kiểm tra. Nếu người nộp thuế yêu cầu, Trưởng đoàn kiểm tra thuế phải giải thích các nội dung chưa rõ trong biên bản kiểm tra thuế.

5.5. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang và đóng dấu của người nộp thuế (nếu có) ngay trong ngày công bố công khai.

Trường hợp người nộp thuế bảo lưu ý kiến trong Biên bản kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra phải tạo điều kiện để người nộp thuế thực hiện quyền bảo lưu.

Trường hợp còn vướng mắc về cơ chế chính sách phải xin ý kiến cấp trên thì ghi nhận tại biên bản; khi có văn bản trả lời của cấp trên thì đoàn kiểm tra hoặc bộ phận kiểm tra lập phụ lục biên bản với người nộp thuế để xử lý theo quy định của pháp luật.

5.6. Trường hợp đã công bố biên bản kiểm tra và người nộp thuế không ký Biên bản kiểm tra thuế thì chậm nhất trong 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày công bố công khai biên bản kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính (theo hướng dẫn tại khoản 4.8, điểm 4, Mục II, Phần B nêu trên), báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định, đồng thời thông báo yêu cầu người nộp thuế ký biên bản kiểm tra. Nếu người nộp thuế vẫn không ký biên bản kiểm tra thì trong thời hạn tối đa không quá 30 (ba mươi) ngày làm việc, kể từ ngày công bố công khai biên bản kiểm tra, Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định xử lý truy thu thuế; xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc kết luận kiểm tra thuế theo nội dung biên bản kiểm tra và dữ liệu, số liệu đã thu thập được trong quá trình kiểm tra.

5.7. Trường hợp không công bố được biên bản kiểm tra và người nộp thuế không ký vào biên bản kiểm tra do người nộp thuế không có mặt tại trụ sở doanh nghiệp, hoặc cố tình trốn tránh, hoặc vì lý do khách quan thì chậm nhất trong vòng 5 (năm) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải lấy chữ ký của đại diện chính quyền cơ sở nơi xảy ra vi phạm hoặc của hai người chứng kiến vào biên bản kiểm tra. Theo đó, Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định xử lý truy thu thuế; xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc kết luận kiểm tra thuế theo nội dung biên bản kiểm tra và dữ liệu, số liệu đã thu thập được trong quá trình kiểm tra.

5.8. Biên bản kiểm tra phải được lập thành tối thiểu là 5 bản, có giá trị pháp lý như nhau.

– 01 bản người nộp thuế giữ.

– 01 bản trưởng Đoàn kiểm tra giữ.

– 01 bản gửi cho bộ phận kê khai và kế toán thuế.

– 01 bản gửi cho bộ phận quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế;

– 01 bản lưu tại bộ phận thực hiện kiểm tra thuế.

6. Xử lý kết quả kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế

6.1. Chậm nhất là 5 (năm) ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra để trình Thủ trưởng cơ quan thuế về kết quả kiểm tra thuế (Mẫu số 08/QTKT ban hành kèm theo quy trình này) và dự thảo các quyết định xử lý về thuế (Mẫu số 20/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) hoặc kết luận kiểm tra thuế (Mẫu số 06/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC).

Trường hợp phải xử lý truy thu về thuế; xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì trong thời hạn không quá 07 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra (trường hợp vụ việc có nhiều tình tiết phức tạp thì trong thời hạn tối đa không quá 30 (ba mươi) ngày làm việc, kể từ ngày ký biên bản kiểm tra), Thủ trưởng cơ quan Thuế phải ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế theo Mẫu số 20/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC. Trường hợp không phải xử lý truy thu về thuế; không phải xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì trong thời hạn không quá 7 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra, Thủ trưởng cơ quan Thuế phải ký kết luận kiểm tra thuế.

Quyết định xử lý vi phạm về thuế hoặc kết luận kiểm tra thuế được gửi cho và các bộ phận sau:

– 01 bản gửi cho người nộp thuế.

– 01 bản trưởng đoàn kiểm tra lưu.

– 01 bản gửi cho bộ phận kê khai và kế toán thuế.

– 01 bản gửi cho bộ phận quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế;

– 01 bản lưu tại bộ phận thực hiện kiểm tra thuế cùng với quyết định kiểm tra và biên bản kiểm tra thuế.

Quyết định xử lý vi phạm về thuế được giao trực tiếp hoặc gửi qua bưu điện bằng hình thức bảo đảm và thông báo cho tổ chức, cá nhân vi phạm trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc, kể từ ngày ra quyết định xử lý vi phạm về thuế. Đối với trường hợp quyết định được giao trực tiếp mà cá nhân, tổ chức vi phạm cố tình không nhận quyết định thì người có thẩm quyền lập biên bản về việc không nhận quyết định có xác nhận của chính quyền địa phương và được coi là quyết định đã được giao. Đối với trường hợp gửi qua bưu điện bằng hình thức bảo đảm, nếu sau thời hạn 10 (mười) ngày, kể từ ngày quyết định xử lý vi phạm đã được gửi qua đường bưu điện đến lần thứ ba mà bị trả lại do tổ chức, cá nhân vi phạm cố tình không nhận; quyết định xử lý vi phạm đã được niêm yết tại nơi cư trú của cá nhân trụ sở của tổ chức bị xử phạt hoặc có căn cứ cho rằng người vi phạm trốn tránh không nhận quyết định xử phạt thì được coi là quyết định đã được giao.

6.2. Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế thì trong thời hạn 7 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra (trường hợp vụ việc có tình tiết phức tạp thì trong thời hạn tối đa không quá 30 (ba mươi) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra), Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình thủ trưởng cơ quan thuế để ban hành quyết định xử lý sau kiểm tra, hoặc chuyển hồ sơ sang bộ phận thanh tra hoặc xem xét xử lý theo quy định của pháp luật.

Hồ sơ chuyển sang thanh tra gồm:

– Tờ trình nêu rõ lý do chuyển hồ sơ;

– Quyết định kiểm tra;

– Biên bản kiểm tra;

– Tài liệu, chứng cứ chứng minh dấu hiệu trốn thuế của người nộp thuế.

6.3. Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày phát hiện, trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự.

Hồ sơ chuyển giao cơ quan điều tra gồm:

– Quyết định chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra có thẩm quyền;

– Biên bản kiểm tra (bản sao);

– Kết quả giám định, xác minh (bản sao, nếu có);

– Chứng cứ hoặc biên bản niêm phong tang vật vi phạm (bản sao, nếu có)­

– Tài liệu khác có liên quan (bản sao, nếu có).

7. Giám sát kết quả sau kiểm tra

Bộ phận kiểm tra có trách nhiệm phối hợp với bộ phận Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế theo dõi và đôn đốc việc thực hiện nộp các khoản thuế truy thu, truy hoàn, tiền phạt theo kết quả kiểm tra vào NSNN đúng quy định trong thời hạn 90 (chín mươi) ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp vào NSNN các khoản kiến nghị qua kiểm tra ghi trên quyết định xử lý vi phạm về thuế.

III. TỔNG HỢP BÁO CÁO VÀ LƯU GIỮ TÀI LIỆU KIỂM TRA THUẾ

1. Nhập dữ liệu vào hệ thống

– Lãnh đạo bộ phận kiểm tra có trách nhiệm chỉ đạo Bộ phận kiểm tra nhập toàn bộ dữ liệu về công tác kiểm tra bao gồm: kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế; kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế vào Hệ thống hỗ trợ thanh tra kiểm tra (TTR).

– Việc nhập dữ liệu kiểm tra vào Hệ thống hỗ trợ thanh tra, kiểm tra (TTR) phải đảm bảo yêu cầu về thời gian phục vụ công tác báo cáo kết quả kiểm tra đột xuất và định kỳ theo quy định.

– Vụ Thanh tra có trách nhiệm kiểm tra, đôn đốc các Cục Thuế nhập dữ liệu kiểm tra vào Hệ thống và tổng hợp tình hình thực hiện của các Cục Thuế để báo cáo Tổng cục Thuế làm căn cứ chỉ đạo điều hành công tác kiểm tra thuế.

– Cục thuế giao nhiệm vụ cho một phòng kiểm tra chủ trì có trách nhiệm kiểm tra, đôn đốc các Chi cục Thuế nhập dữ liệu kiểm tra vào Hệ thống và tổng hợp tình hình thực hiện của các Chi cục Thuế để báo cáo Cục Thuế làm căn cứ chỉ đạo điều hành công tác kiểm tra thuế tại địa phương.

– Trưởng đoàn kiểm tra tại doanh nghiệp chịu trách nhiệm về tính kịp thời, tính đầy đủ và tính chính xác của tình hình và số liệu người nộp thuế được kiểm tra nhập vào hệ thống TTR.

2. Chế độ báo cáo

Ngoài việc phải thực hiện báo cáo đột xuất khi có yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền, định kỳ hàng tháng, năm, bộ phận kiểm tra tại cơ quan thuế các cấp phải rà soát kết quả thực hiện công tác kiểm tra trên ứng dụng hỗ trợ thanh tra kiểm tra (TTR); đồng thời báo cáo kết quả thực hiện công tác kiểm tra trình thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp ký. Trong thời gian ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra (TTR) đang được nâng cấp, báo cáo kết quả thực hiện công tác kiểm tra được lập và gửi cơ quan thuế cấp trên trực tiếp, với một số nội dung và yêu cầu cụ thể như sau:

2.1. Thời điểm chốt số liệu báo cáo

Do đặc thù của hoạt động kiểm tra mang tính liên tục, chuyển tiếp giữa các kỳ báo cáo nên việc báo cáo phải đảm bảo thời điểm, tính liên tục giữa các kỳ báo cáo, tránh báo trùng, báo sót do việc xác định thời điểm chốt số liệu báo cáo thiếu nhất quán. Số liệu báo cáo của từng kỳ báo cáo phải đảm bảo nguyên tắc số liệu đã chốt từ kỳ trước đến cuối kỳ báo cáo (báo cáo tháng là kết quả của cả tháng; báo cáo năm là kết quả của cả năm).

2.2. Các loại báo cáo định kỳ

– Trong thời gian ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra (TTR) đang được nâng cấp, cơ quan Thuế cấp dưới phải tổng hợp báo cáo cơ quan Thuế cấp trên bằng văn bản hàng tháng, cả năm kết quả kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan Thuế và tại trụ sở người nộp thuế theo mẫu báo cáo số 09/QTKT; 10/QTKT và mẫu báo cáo số 11/QTKT ban hành kèm theo quy trình này.

– Thủ trưởng cơ quan Thuế giao cho một phòng kiểm tra (hoặc một đội kiểm tra) tập hợp chung báo cáo của các phòng kiểm tra (hoặc các đội kiểm tra) theo mẫu báo cáo số 09/QTKT; 10/QTKT; 11/QTKT ban hành kèm theo quy trình này để báo cáo cơ quan Thuế cấp trên.

2.3. Thời gian báo cáo

– Báo cáo hàng tháng: Chi cục Thuế báo cáo Cục Thuế trước ngày 05 của tháng sau tháng báo cáo; Cục Thuế báo cáo Tổng cục Thuế trước ngày 10 của tháng sau tháng báo cáo.

– Báo cáo năm: Chi cục Thuế báo cáo Cục Thuế trước ngày 15 của tháng đầu năm sau; Cục Thuế báo cáo Tổng cục Thuế trước ngày 20 của tháng đầu năm sau.

2.4. Hình thức báo cáo

– Báo cáo bằng văn bản gửi qua đường văn thư, đồng thời phải chuyển ngay qua hộp thư điện tử (Vụ Thanh tra Tổng cục Thuế; Phòng kiểm tra Cục Thuế) với các nội dung theo mẫu đã nêu tại tiết 2.2, Điểm 2, Mục III, Phần B quy trình này.

– Báo cáo bằng văn bản phải đồng nhất với báo cáo được in ra từ ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra (TTR). Cơ quan thuế các cấp thực hiện chốt số liệu báo cáo tháng theo thời gian báo cáo theo quy định tại điểm 2.3 Mục III, Phần B ban hành kèm theo Quy trình này để phục vụ công tác chỉ đạo điều hành công tác kiểm tra và báo cáo kết quả kiểm tra.

3. Lưu trữ hồ sơ kiểm tra

3.1. Trong thời hạn 30 (ba mươi) ngày kể từ ngày ký quyết định xử lý vi phạm pháp luật thuế, hoặc kết luận kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm bàn giao hồ sơ cuộc kiểm tra cho bộ phận, người được giao nhiệm vụ theo quy định của pháp luật và quy chế của cơ quan.

Hồ sơ, tài liệu bàn giao phải được lập thành biên bản (Mẫu số 12/QTKT ban hành kèm theo quy trình này), lưu cùng hồ sơ cuộc kiểm tra.

3.2. Hồ sơ kiểm tra thuế được lưu giữ tại cơ quan Thuế theo thời hạn sau:

– Đối với hồ sơ kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan Thuế; hồ sơ kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được lưu giữ trong thời hạn là 5 (năm) năm, kể từ ngày kết thúc kiểm tra.

– Đối với các báo cáo tổng hợp được lưu giữ tại cơ quan Thuế trong thời hạn là 5 (năm) năm kể từ năm báo cáo.

Phần III

TỔ CHỨC THỰC HIỆN

1. Vụ Thanh tra cơ quan Tổng cục Thuế chịu trách nhiệm hướng dẫn, chỉ đạo cơ quan Thuế các cấp thực hiện quy trình này.

2. Thủ trưởng cơ quan Thuế các cấp tổ chức, triển khai thực hiện kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định của quy trình này; định kỳ hoặc đột xuất cơ quan thuế cấp trên tổ chức kiểm tra việc thực hiện quy trình của cơ quan thuế cấp dưới và áp dụng các hình thức khen thưởng, kỷ luật theo chế độ quy định.

3. Trong quá trình tổ chức thực hiện nếu có vướng mắc, Cục Thuế các tỉnh, thành phố kịp thời báo cáo về Tổng cục Thuế để giải quyết./.