📌 Tóm tắt nội dung:
- Đối tượng thanh tra: Tập trung các đối tượng có dấu hiệu vi phạm, theo kiến nghị của cơ quan có thẩm quyền, v.v.. .
- Quy trình: Chuẩn bị & ra quyết định → Tiến hành tại DN → Kết thúc & ban hành kết luận.
- Thời hạn: Thời hạn thanh tra từ 30–60 ngày tùy cấp, có cơ chế gia hạn tùy độ phức tạp.
- Hồ sơ cần chuẩn bị: Chứng từ pháp lý doanh nghiệp; chứng từ gốc; dữ liệu phần mềm kế toán; bộ tờ khai/báo cáo đã nộp; hợp đồng kinh tế; v.v.. .
- Trọng tâm thanh tra: đối chiếu tờ khai–sổ sách–chứng từ; doanh thu–giá vốn–biên lợi nhuận; công nợ; tồn kho; tài sản cố định/công cụ dụng cụ.
- Tần suất & chế tài: Doanh nghiệp tuân thủ tốt, rủi ro thấp thường không quá 01 lần/năm; không chấp hành quyết định có thể bị ấn định thuế theo Luật Quản lý thuế 2019.
Thanh tra thuế là hoạt động giám sát tuân thủ của cơ quan thuế nhằm đánh giá tính trung thực và đầy đủ của doanh nghiệp trong việc kê khai và nộp thuế. Thanh tra thuế được thực hiện trên cơ sở phân loại đánh giá rủi ro và tuân theo quy trình pháp lý chặt chẽ. Việc hiểu đúng các quy định pháp lý, quy trình cũng như công tác chuẩn bị tiếp đoàn thanh tra sẽ giúp doanh nghiệp chủ động phối hợp, giảm phát sinh tranh luận và thu hẹp rủi ro xử lý sau thanh tra.
I. Khái quát về thanh tra thuế
Thanh tra thuế là hoạt động kiểm chứng mức độ tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế do cơ quan thuế thực hiện, thông qua việc phân tích dữ liệu, đối chiếu hồ sơ và xác minh dấu hiệu vi phạm. Mục tiêu nhằm đánh giá tính trung thực, đầy đủ trong việc tuân thủ những quy định về kê khai – nộp thuế của doanh nghiệp.
II. Khi nào doanh nghiệp thuộc diện thanh tra?
Theo Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp thuộc diện thanh tra trong các trường hợp:
- Xuất hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế;
- Cần giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc phục vụ phòng, chống tham nhũng;
- Theo yêu cầu của công tác quản lý thuế trên cơ sở kết quả phân loại rủi ro;
- Theo kiến nghị/kết luận của cơ quan kiểm toán Nhà nước, thanh tra Nhà nước và cơ quan khác có thẩm quyền.
III. Quy trình thanh tra tại doanh nghiệp
Quy trình thanh tra thuế tại doanh nghiệp tuân thủ một lộ trình nghiệp vụ rõ ràng và bám sát các quy định pháp luật. Để giảm thiểu các rủi ro có thể xảy ra trong quá trình thanh tra, doanh nghiệp cần nắm rõ quy trình này để có thể chủ động phối hợp với đoàn thanh tra.
Cơ quan thuế lập danh mục các doanh nghiệp thuộc diện thanh tra tại trụ sở dựa trên cơ sở phân tầng rủi ro, ưu tiên thanh tra các đối tượng có mức rủi ro cao. Đồng thời, các doanh nghiệp chưa được thanh tra trong hơn 05 năm cũng sẽ được xem xét đưa vào kế hoạch thanh tra nhằm bảo đảm độ bao phủ và tính toàn diện của công tác quản lý thuế.
Theo Điều 21 Luật Thanh tra 2025 số 84/2025/QH15, quy trình thanh tra gồm ba giai đoạn:
- Giai đoạn 1 – Chuẩn bị và ra quyết định:
- Bước 1: Tổng hợp hồ sơ, xác định phạm vi thanh tra;
- Bước 2: Ban hành quyết định thanh tra;
- Bước 3: Xây dựng và gửi đề cương yêu cầu đối tượng thanh tra báo cáo;
- Bước 4: Thông báo về việc công bố quyết định thanh tra.
- Giai đoạn 2 – Tiến hành thanh tra:
- Bước 1: Công bố quyết định thanh tra;
- Bước 2: Thu thập thông tin, hồ sơ liên quan đến nội dung thanh tra;
- Bước 3: Tiến hành kiểm tra, xác minh thông tin, hồ sơ;
- Bước 4: Kết thúc cuộc thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp.
- Giai đoạn 3 – Kết thúc cuộc thanh tra:
- Bước 1: Báo cáo kết quả thanh tra;
- Bước 2: Xây dựng và thẩm định dự thảo kết luận thanh tra;
- Bước 3: Ban hành và công khai kết luận thanh tra.
IV. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi nhận quyết định thanh tra?
1. Tài liệu, hồ sơ
Để quá trình thanh tra diễn ra trơn tru và giảm thiểu các rủi ro phát sinh, doanh nghiệp nên chủ động rà soát và chuẩn bị đầy đủ các dữ liệu, hồ sơ, sổ sách và các chứng từ liên quan. Việc “dọn bàn” trước không chỉ giúp doanh nghiệp làm việc, phối hợp hiệu quả với cơ quan chức năng mà còn thể hiện tính minh bạch, chủ động trong công tác tài chính—kế toán tại doanh nghiệp.
Các tài liệu, hồ sơ cần chuẩn bị cho cuộc thanh tra bao gồm nhưng không giới hạn trong:
a) Giấy tờ pháp lý
Chuẩn bị đầy đủ các hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp như:
- Giấy phép đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Điều lệ công ty;
- Các công văn trao đổi với cơ quan nhà nước (đặc biệt cơ quan thuế);
- Tài liệu khác liên quan đến pháp luật và nghĩa vụ thuế.
b) Hồ sơ chứng từ gốc
Hồ sơ chứng từ kế toán cần được lưu trữ sắp xếp theo tháng, dựa trên bảng kê thuế giá trị gia tăng đầu vào/đầu ra. Mỗi bộ hồ sơ phải gồm đủ hoá đơn, hợp đồng, biên bản nghiệm thu, thanh lý, phiếu xuất–nhập kho, v.v.. với đầy đủ chữ ký của các bên liên quan.
Kiểm tra và yêu cầu cấp hoặc in ấn đầy đủ sổ phụ ngân hàng trong năm phục vụ công tác đối chiếu dòng tiền trong kỳ.
c) Hệ thống dữ liệu kế toán
Rà soát, đối chiếu dữ liệu trên phần mềm kế toán dựa trên hóa đơn, chứng từ gốc lưu trữ tại doanh nghiệp cũng như hóa đơn, chứng từ điện tử trên hệ thống Cổng thông tin hóa đơn điện tử của Nhà nước. Đảm bảo các số liệu trùng khớp và chính xác.
d) Các báo cáo đã nộp
Các báo cáo đã nộp Cơ quan Thuế, được lưu trữ theo từng năm tài chính như:
- Tờ khai thuế GTGT theo tháng/quý;
- Tờ khai thuế TNDN tạm tính theo quý;
- Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn;
- Báo cáo tài chính năm;
- Hồ sơ quyết toán thuế TNDN, TNCN, hồ sơ hoàn thuế (nếu có);
- Các sổ sách kế toán in đúng mẫu theo quy định pháp luật.
e) Hợp đồng kinh tế
Các hợp đồng liên quan đến hoạt động sản xuất – kinh doanh của doanh nghiệp như:
- Hợp đồng đầu vào/đầu ra kèm theo biên bản nghiệm thu, thanh lý, bàn giao tài sản và dịch vụ phân loại và lưu trữ theo từng lần phát sinh, đảm bảo có đầy đủ chữ ký các bên liên quan;
- Hợp đồng thuê ngoài như thuê văn phòng, thuê xe, máy móc, v.v..;
- Hợp đồng lao động, hợp đồng khoán và các tài liệu liên quan (phụ lục hợp đồng, quyết định nhân sự, v.v..)
f) Kiểm tra tổng thể
Rà soát, kiểm tra, đối chiếu tổng thể các số liệu trong sổ sách, chứng từ của doanh nghiệp. Cần đảm bảo các số liệu trùng khớp và phù hợp, chữ ký trên hóa đơn chứng từ hợp lệ và đầy đủ. Các nội dung cần kiểm tra bao gồm:
- Sổ chi tiết và sổ cái;
- Sổ sách kế toán và hóa đơn đầu vào, đầu ra;
- Công nợ phải thu, phải trả và biên bản xác nhận công nợ.
2. Nội dung thanh tra
Dù mỗi doanh nghiệp có đặc thù vận hành riêng biệt, các nội dung cần giải trình khi thanh tra thuế vẫn có những điểm chung. Một số nội dung mà thanh tra thuế thường yêu cầu doanh nghiệp giải trình có thể bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT & số dư tài khoản thuế: Đảm bảo số liệu kê khai khớp với số dư trên sổ sách, giải thích mọi chênh lệch phát sinh.
- Doanh thu – giá vốn – biên lợi nhuận: Chứng minh sự phù hợp giữa doanh thu và chi phí liên quan; làm rõ các trường hợp biên âm/bất thường.
- Công nợ & tính chất số dư: Rà soát số dư bất thường, tính hợp lý tuổi nợ và xác nhận công nợ để củng cố khả năng thu hồi/thanh toán.
- Hàng tồn kho & luân chuyển: Kiểm chứng hiện hữu, định giá và luân chuyển; đối chiếu tồn kho với báo cáo nhập-xuất-tồn để phát hiện bất thường.
- Tài sản cố định & công cụ dụng cụ: Đảm bảo hiện hữu, quyền sở hữu, phương pháp khấu hao/phân bổ và tính nhất quán giữa sổ cái với sổ chi tiết.
Trọng tâm là tính nhất quán xuyên suốt giữa tờ khai thuế, sổ cái/sổ chi tiết và hồ sơ chứng từ.
3. Thứ tự và yêu cầu hồ sơ chi tiết theo từng sắc thuế
Sau khi doanh nghiệp nhận quyết định thanh tra, cơ quan thuế điều động đoàn nghiệp vụ đến làm việc tại doanh nghiệp với số lượng cán bộ và khung thời gian phù hợp với độ phức tạp của hồ sơ kế toán. Mỗi cán bộ sẽ đảm nhiệm thanh tra một sắc thuế riêng. Trình tự thanh tra và hồ sơ cần thiết cho từng loại sắc thuế như sau:
a) Thuế giá trị gia tăng (GTGT)
- Sắp xếp hóa đơn GTGT đầu ra/đầu vào theo trình tự thời gian và đối chiếu với các tờ khai đã nộp;
- Lập bảng tổng hợp riêng cho các hóa đơn phát sinh sai sót, trùng lặp, kê khai thiếu hoặc nhầm lẫn;
- Trường hợp mất bản gốc hóa đơn: đính kèm công văn thông báo mất gửi cơ quan thuế;
- Hóa đơn đầu ra bị hủy: chuẩn bị bản sao hóa đơn kèm biên bản hủy;
- Với hóa đơn mua từ 05 triệu đồng trở lên: xuất trình chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt;
- Chuẩn bị tệp Excel tổng hợp toàn bộ các kỳ khai/báo cáo thuế GTGT của doanh nghiệp.
b) Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)
- Hợp đồng lao động các loại (dài hạn, thời vụ, khoán, v.v..);
- Bảng lương tổng hợp theo tháng/quý/năm, kèm file Excel chi tiết;
- Chứng từ chi trả lương: sao kê/ủy nhiệm chi ngân hàng hoặc phiếu chi tiền mặt;
- Bảng/phiếu lương và chứng từ khấu trừ thuế TNCN đối với lao động không ký hợp đồng lao động;
- Hồ sơ đăng ký giảm trừ gia cảnh: giấy khai sinh con và/hoặc chứng nhận người phụ thuộc;
- Đối với lao động nước ngoài: bản sao hộ chiếu, thị thực (visa), hợp đồng lao động có công chứng;
- Giấy ủy quyền quyết toán thuế TNCN (nếu doanh nghiệp thực hiện thay người lao động);
- Các hồ sơ, văn bản liên quan khác (nếu có).
c) Thuế xuất nhập khẩu (XNK)
Nếu doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu:
- Hợp đồng ngoại thương song ngữ (Việt – Anh);
- Bộ chứng từ liên quan đến hoạt động XNK: hóa đơn thương mại (invoice), phiếu đóng gói (packing list), chứng từ chứng nhận xuất xứ, chất lượng (CO, CQ), v.v..;
- Tờ khai hải quan (bản gốc hoặc bản sao có chứng thực);
- Chứng từ nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT hàng nhập khẩu;
- Chứng từ thanh toán qua ngân hàng liên quan đến giao dịch quốc tế;
- Các chứng từ bổ trợ khác phục vụ công tác đối chiếu, giải trình.
d) Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB)
Đối với doanh nghiệp thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt:
- Hồ sơ chứng minh đã nộp thuế TTĐB ở khâu trước (nếu phát sinh);
- Tờ khai thuế TTĐB theo từng kỳ kèm biên lai/chứng từ nộp tiền;
- Bảng tổng hợp doanh thu đối với hàng hóa, dịch vụ thuộc diện chịu TTĐB;
- Tài liệu liên quan phục vụ đối chiếu: hồ sơ nhập khẩu, hóa đơn, chứng từ thanh toán.
e) Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
- Bộ sổ sách kế toán đầy đủ, có ký xác nhận và đóng dấu theo quy định;
- Bộ chứng từ kế toán: phiếu thu, chi, phiếu xuất–nhập kho, phiếu kế toán;
- Hợp đồng mua bán hàng hóa/dịch vụ kèm báo giá và chứng từ thanh toán;
- Hồ sơ tài sản cố định (TSCĐ): biên bản bàn giao, hợp đồng mua bán, bảng tính khấu hao;
- Tài liệu về chi phí: bảng phân bổ chi phí, chi phí trả trước;
- Quyết định nội bộ liên quan đến tiền lương, khấu hao, định mức tiêu hao nguyên vật liệu;
- Biên bản kiểm kê quỹ/kho và hồ sơ xử lý hàng hỏng, hàng tồn;
- Tờ trình phê duyệt chi phí và báo cáo tài chính các năm;
- Hồ sơ đối chiếu công nợ, hợp đồng trả chậm, công văn đòi nợ;
- Hồ sơ pháp lý doanh nghiệp: Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, điều lệ, quyết định bổ nhiệm, v.v..
V. Một số điều cần nắm về thanh tra thuế
1. Thời hạn công bố quyết định thanh tra và thời hạn thanh tra
Theo Khoản 4 Điều 26 Luật Thanh tra 2025, quyết định thanh tra phải được công bố trong 15 ngày kể từ ngày ban hành.
Theo Điều 20 cùng Luật, khung thời hạn thanh tra thuế như sau:
- Do Thanh tra Chính phủ tiến hành: tối đa 60 ngày; trường hợp phức tạp có thể gia hạn một lần tối đa 30 ngày; trường hợp đặc biệt phức tạp có thể gia hạn lần hai tối đa 20 ngày.
- Do Thanh tra Bộ Quốc phòng, Thanh tra Bộ Công an, Thanh tra Ngân hàng Nhà nước, Thanh tra tỉnh tiến hành: tối đa 45 ngày; trường hợp phức tạp hoặc địa bàn miền núi, biên giới, hải đảo, vùng sâu, vùng xa đi lại khó khăn thì được gia hạn một lần tối đa 25 ngày.
- Do Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra theo điều ước quốc tế và các cơ quan thanh tra khác trong Quân đội nhân dân, Công an nhân dân, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam tiến hành: tối đa 30 ngày; trường hợp phức tạp hoặc địa bàn miền núi, biên giới, hải đảo, vùng sâu, vùng xa đi lại khó khăn thì được gia hạn một lần tối đa 10 ngày.
2. Tần suất thanh tra
Tần suất thanh tra thuế tại doanh nghiệp không được ấn định cụ thể trong Luật Quản lý thuế và phụ thuộc nhiều yếu tố. Thông thường, nếu doanh nghiệp tuân thủ tốt các quy định về thuế và không nằm trong nhóm rủi ro cao, cơ quan thuế thường không thực hiện thanh kiểm tra quá 01 lần/năm.
Đối với các trường hợp đặc thù như tái cơ cấu doanh nghiệp (chuyển đổi loại hình, sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động), cơ quan thuế có thể tổ chức kiểm tra tại trụ sở với tần suất giới hạn không quá 01 lần/năm.
Để giảm thiểu khả năng bị thanh tra thường xuyên, doanh nghiệp nên duy trì hệ thống hồ sơ kế toán minh bạch, tuân thủ chuẩn mực và quy định thuế một cách nhất quán.
3. Hệ quả khi không chấp hành quyết định thanh tra
Việc không chấp hành quyết định thanh tra thuế có thể kéo theo nhiều hệ quả pháp lý nghiêm trọng. Cụ thể, theo Khoản 1 Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019, nếu người nộp thuế không chấp hành quyết định thanh tra thuế, cơ quan thuế được quyền áp dụng biện pháp ấn định thuế.
Ấn định thuế là việc cơ quan thuế tính toán, xác định và đưa ra số tiền thuế mà doanh nghiệp bắt buộc phải nộp do không tuân thủ các quy định về khai thuế và nộp thuế. Doanh nghiệp cần chú ý tuân thủ đúng và đầy đủ các nghĩa vụ đăng ký, kê khai và nộp thuế để tránh bị ấn định thuế, bảo vệ các quyền lợi hợp pháp của mình.
👉 Xem thêm: Ấn Định Thuế Đối Với Doanh Nghiệp: Thông Tin Cần Biết
VI. Phân biệt ‘thanh tra thuế’ và ‘kiểm tra thuế’
Thoạt nhìn, hai khái niệm này tưởng chừng như nhau, nhưng hoạt động kiểm tra thuế và thanh tra thuế có những điểm khác nhau cơ bản như sau:
|
Tiêu chí |
Kiểm tra thuế |
Thanh tra thuế |
|
Định nghĩa |
Hoạt động nghiệp vụ thường xuyên nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác của hồ sơ thuế và mức độ tuân thủ. |
Đánh giá việc chấp hành pháp luật của người nộp thuế, xác minh và thu thập chứng cứ để xác định hành vi vi phạm về thuế. |
|
Tính chất |
Theo nghiệp vụ quản lý của cơ quan thuế. |
Theo kế hoạch hoặc đột xuất khi có yêu cầu quản lý, rủi ro, dấu hiệu vi phạm. |
|
Phạm vi |
Diễn ra thường xuyên và liên tục. |
Tập trung vào các đối tượng có dấu hiệu vi phạm. |
|
Địa điểm thực hiện |
Tại cơ quan thuế hoặc trụ sở người nộp thuế. |
Chỉ tại trụ sở người nộp thuế. |
|
Thời hạn |
Không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở doanh nghiệp; được gia hạn 01 lần, tối đa thêm 10 ngày; lập biên bản trong 05 ngày sau khi kết thúc. |
Từ 30 – 60 ngày, số lần gia hạn và thời hạn gia hạn tùy thuộc cấp độ thanh tra. |
|
Quy mô rà soát |
Chủ yếu trong kỳ kiểm tra ghi trên quyết định. |
Quy mô rộng hơn; có thể rà soát cả số liệu từ các đợt kiểm tra trước. |
|
Thẩm quyền |
Cục Thanh tra – Kiểm tra thuế, Vụ, Phòng, Đội được giao chức năng, nhiệm vụ kiểm tra thuế thuộc cơ quan thuế các cấp |
Cục Thuế ,Tổng cục Thuế |
Để sẵn sàng trước thanh tra thuế, doanh nghiệp cần xây dựng một khuôn khổ quản trị tuân thủ: chuẩn hóa chứng từ, kiểm tra nội bộ định kỳ và phân công đầu mối làm việc. Cách tiếp cận chủ động, minh bạch không chỉ rút ngắn thời gian làm việc với đoàn thanh tra mà còn hạn chế nguy cơ bị ấn định thuế, bảo vệ lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp.