Cẩm nang | Hiểu biết về thuế giám đốc doanh nghiệp mới cần nắm

Với doanh nghiệp mới thành lập, phần khó của thuế không nằm ở số tiền phải nộp mà ở những thói quen hình thành ngay từ đầu: chọn cách tính thuế giá trị gia tăng, nộp tờ khai đúng hạn kể cả khi chưa bán được hàng, nhận hóa đơn từ đúng người bán và trả tiền đúng cách. Cẩm nang này tổng hợp những điều giám đốc cần nắm và những rủi ro doanh nghiệp mới hay gặp trong thực tế, kèm cách phòng tránh.

Những quyết định cần chốt trong tháng đầu

Chưa có doanh thu vẫn phải nộp tờ khai

Điều 11 Nghị định 252/2026/NĐ-CP liệt kê các trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế; giai đoạn chưa phát sinh doanh thu không nằm trong danh sách này. Vì vậy tờ khai thuế giá trị gia tăng vẫn phải nộp đúng kỳ, kể cả khi mọi chỉ tiêu đều bằng không. Chi tiết từng loại thuế xem Chưa có doanh thu, doanh nghiệp vẫn có nghĩa vụ gì với thuế.

Những rủi ro thuế doanh nghiệp mới hay gặp

1. Người bán “biến mất” sau khi xuất hóa đơn

Doanh nghiệp mua hàng thật, nhận hóa đơn thật, nhưng vài tháng sau cơ quan thuế xác định người bán không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Hóa đơn có ngày lập từ ngày cơ quan thuế xác định như vậy là hóa đơn không hợp pháp (Điều 3 Nghị định 254/2026/NĐ-CP). Khi đó doanh nghiệp mua có thể không được khấu trừ thuế, không được tính chi phí, và dù hàng hóa là có thật vẫn có thể bị ấn định thuế (điểm g khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 2025).

Cách giảm rủi ro: tra cứu trạng thái mã số thuế của người bán trước giao dịch đầu tiên và trước các giao dịch lớn (hướng dẫn tra cứu); giữ hợp đồng, biên bản giao nhận, chứng từ chuyển khoản cho từng giao dịch (bộ hồ sơ chứng minh giao dịch có thật); ưu tiên nhà cung cấp có địa điểm kinh doanh thực tế.

2. Trả tiền mặt, hoặc nộp tiền mặt vào tài khoản người bán

Hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ thuế giá trị gia tăng. Chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán không được tính là thanh toán không dùng tiền mặt (Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP). Với thuế thu nhập doanh nghiệp, mua của cùng một người bán nhiều lần trong ngày, mỗi lần dưới 05 triệu nhưng tổng từ 05 triệu trở lên, cũng phải thanh toán không dùng tiền mặt mới được tính chi phí (tiết c1 điểm c khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP).

3. Nhân viên mua hộ bằng tài khoản cá nhân

Khoản mua hộ từ 05 triệu đồng trở lên, nhân viên trả bằng hình thức không dùng tiền mặt, chỉ được tính chi phí khi có hóa đơn, chứng từ và có quy chế tài chính, quy chế nội bộ hoặc quyết định của doanh nghiệp cho phép việc mua hộ này, sau đó doanh nghiệp thanh toán lại cho nhân viên (tiết c2 điểm c khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP). Doanh nghiệp mới thường chưa có quy chế này, nên cần ban hành sớm.

4. Trụ sở đăng ký nhưng không thực sự hoạt động

Đăng ký trụ sở ở một địa chỉ mượn, không có người nhận thư hoặc tiếp đoàn kiểm tra, có thể dẫn tới việc mã số thuế bị chuyển sang trạng thái không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Hệ quả lớn nhất rơi vào khách hàng của doanh nghiệp: hóa đơn doanh nghiệp xuất ra từ ngày bị xác định như vậy là hóa đơn không hợp pháp đối với bên mua (Điều 3 Nghị định 254/2026/NĐ-CP). Xem thêm 40 câu hỏi về mã số thuế trạng thái 06 và 03.

5. Tính lương giám đốc vào chi phí khi không được trừ

Tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do cá nhân làm chủ, và thù lao cho sáng lập viên không trực tiếp điều hành không được tính vào chi phí được trừ (điểm h khoản 2 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025). Xem Lương của giám đốc và thành viên góp vốn.

6. Để nợ thuế kéo dài

Nợ thuế quá hạn có thể dẫn tới cưỡng chế và tạm hoãn xuất cảnh đối với người đại diện theo pháp luật. Xem Tạm hoãn xuất cảnh do nợ thuế: những điều cần nắm.

Năm đầu lỗ: giữ quyền trừ lỗ cho những năm có lãi

Doanh nghiệp có lỗ được chuyển lỗ sang năm sau và trừ vào thu nhập chịu thuế; thời gian chuyển lỗ tính liên tục không quá 05 năm, kể từ năm tiếp theo năm phát sinh lỗ (khoản 1 Điều 16 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025). Số lỗ được chuyển là số lỗ xác định sau khi quyết toán thuế; doanh nghiệp tự xác định số lỗ được trừ, và nếu cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra xác định khác thì theo kết luận kiểm tra, thanh tra (khoản 2 Điều 7 Nghị định 320/2025/NĐ-CP). Quá 05 năm mà chưa chuyển hết thì phần còn lại không được chuyển tiếp.

Vì vậy, khoản lỗ năm đầu chỉ có giá trị khi được ghi nhận bằng chi phí có đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ. Một khoản lỗ hình thành từ chi phí không đủ điều kiện sẽ bị loại khi kiểm tra, và lợi ích thuế của những năm sau cũng mất theo.

Ưu đãi dành cho doanh nghiệp mới

Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp; doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu có thể được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 03 năm; lệ phí môn bài đã chấm dứt thu từ ngày 01/01/2026. Điều kiện và cách giữ quyền hưởng xem Ưu đãi thuế cho doanh nghiệp mới và Cẩm nang miễn thuế TNDN 03 năm.

Nhịp tuân thủ trong năm

Lịch nộp chi tiết xem Lịch nộp các loại tờ khai thuế năm 2026. Các lỗi tổ chức thường gặp ở doanh nghiệp mới được tổng hợp tại Các lỗi thuế doanh nghiệp mới thành lập hay gặp.

Câu hỏi thường gặp