Hóa đơn đầu vào: giám đốc cần kiểm soát gì để chi phí được trừ

Một khoản chi được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp khi không thuộc các khoản chi không được trừ theo quy định, đồng thời đáp ứng ba điều kiện chung: chi thực tế phát sinh cho hoạt động kinh doanh, có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp, và khoản từ 05 triệu đồng trở lên được thanh toán không dùng tiền mặt. Đủ ba điều kiện chung chưa có nghĩa là chắc chắn được trừ: chẳng hạn lương của chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do cá nhân làm chủ vẫn không được trừ dù có đủ hóa đơn, chứng từ và chuyển khoản. Kế toán kiểm tra được chứng từ, nhưng chỉ giám đốc mới kiểm soát được những điểm gốc: chọn ai làm người bán, giao dịch có thật như thế nào và trả tiền bằng cách nào.

Ba điều kiện chung để chi phí được trừ

• Chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp (điểm a khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025).
• Có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật (điểm b khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP).
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với khoản mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần từ 05 triệu đồng trở lên (điểm c khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP).

Ba điều kiện trên chỉ áp dụng cho khoản chi không thuộc các khoản chi không được trừ tại Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP (khoản 1 Điều 9), ví dụ tiền phạt vi phạm hành chính, lương của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do cá nhân làm chủ (khoản 2 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025). Thuế giá trị gia tăng đầu vào cũng có điều kiện tương tự: phải có hóa đơn giá trị gia tăng và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024), áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên đã gồm thuế (Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP).

Có hóa đơn vẫn có thể bị loại

Điều 3 Nghị định 254/2026/NĐ-CP xác định các trường hợp sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn. Những trường hợp doanh nghiệp mua hàng dễ gặp nhất:

• Người bán không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký: hóa đơn có ngày lập từ ngày cơ quan thuế xác định người bán không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh đã đăng ký.
• Hóa đơn điện tử chưa đăng ký sử dụng với cơ quan thuế, hoặc hóa đơn phải có mã của cơ quan thuế nhưng chưa có mã.
• Hóa đơn khống: có ghi nội dung nghiệp vụ nhưng việc mua bán không có thật một phần hoặc toàn bộ.
• Hóa đơn không đúng giá trị thực tế của giao dịch.
• Hóa đơn của tổ chức, cá nhân khác dùng để hợp thức hóa hàng hóa, dịch vụ mua vào.

Trường hợp hàng hóa, dịch vụ là có thật và đã kê khai doanh thu nhưng sử dụng hóa đơn không hợp pháp, doanh nghiệp vẫn có thể bị cơ quan thuế ấn định thuế (điểm g khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 2025).

Giám đốc cần kiểm soát những gì?

1. Người bán

Tra cứu trạng thái mã số thuế trước giao dịch đầu tiên và định kỳ với nhà cung cấp thường xuyên (hướng dẫn tra cứu). Nhà cung cấp có địa điểm kinh doanh, kho hàng, nhân sự thực tế giúp giảm rủi ro “mua hàng thật, nhận hóa đơn rủi ro”.

2. Bằng chứng giao dịch có thật

Mỗi giao dịch đáng kể nên có hợp đồng hoặc đơn đặt hàng, biên bản giao nhận hoặc nghiệm thu, và hóa đơn ghi đúng hàng hóa, số lượng, giá trị đã thỏa thuận. Xem Bộ hồ sơ chứng minh giao dịch là có thật.

3. Cách thanh toán

Khi phát hiện hóa đơn đầu vào có vấn đề

Doanh nghiệp được tự khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra: nếu sai sót làm tăng số thuế phải nộp thì khai bổ sung vào kỳ phát sinh và nộp tiền chậm nộp (nếu có); nếu chỉ làm giảm số thuế phải nộp hoặc thay đổi số thuế còn được khấu trừ thì khai vào kỳ phát hiện (điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024).

Các rủi ro thuế khác của năm đầu xem Cẩm nang hiểu biết về thuế giám đốc doanh nghiệp mới cần nắm.