Khấu trừ hay trực tiếp: chọn cách tính thuế GTGT ảnh hưởng gì tới giá bán và lợi nhuận

Doanh nghiệp có hai cách tính thuế giá trị gia tăng: khấu trừ (thuế đầu ra trừ thuế đầu vào) và tính trực tiếp theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu. Doanh nghiệp mới thành lập có doanh thu dưới 01 tỷ đồng mặc định tính trực tiếp, nhưng được đăng ký tự nguyện áp dụng khấu trừ nếu có đầu tư, mua sắm tài sản, máy móc, công cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh. Lựa chọn này không chỉ là thủ tục: nó quyết định khách hàng có được khấu trừ thuế khi mua hàng của doanh nghiệp hay không, và vì thế ảnh hưởng trực tiếp tới giá bán và lợi nhuận.

Hai cách tính khác nhau ở đâu?

• Khấu trừ: số thuế phải nộp bằng thuế đầu ra trừ thuế đầu vào được khấu trừ. Doanh nghiệp xuất hóa đơn giá trị gia tăng, và khách hàng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ phần thuế ghi trên hóa đơn này (khoản 1 Điều 11 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024). Thuế đầu vào chưa khấu trừ hết trong kỳ được chuyển sang kỳ sau (điểm đ khoản 1 Điều 14).
• Tính trực tiếp theo doanh thu: số thuế phải nộp bằng tỷ lệ phần trăm nhân với doanh thu ghi trên hóa đơn bán hàng: phân phối, cung cấp hàng hóa 1%; dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu 5%; sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu 3%; hoạt động khác 2% (khoản 2 Điều 12). Thuế đầu vào không được khấu trừ.

Điều kiện để áp dụng khấu trừ là doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ (khoản 2 Điều 11). Nói cách khác, chọn khấu trừ là cam kết vận hành sổ sách bài bản ngay từ đầu.

Doanh nghiệp mới được áp dụng cách nào?

Như vậy, doanh nghiệp đã có hợp đồng thuê văn phòng, cửa hàng hoặc đã mua sắm công cụ, dụng cụ ban đầu có đủ cơ sở để lựa chọn khấu trừ ngay khi bắt đầu hoạt động.

Ảnh hưởng tới giá bán và lợi nhuận

Khi khách hàng là doanh nghiệp

Khách hàng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ chỉ được khấu trừ thuế ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng. Nếu doanh nghiệp tính trực tiếp, khách hàng nhận hóa đơn bán hàng và không có phần thuế nào để khấu trừ, nên toàn bộ giá thanh toán trở thành chi phí của họ. Với cùng một mức giá, sản phẩm của doanh nghiệp tính trực tiếp đắt hơn trong mắt khách hàng doanh nghiệp, hoặc doanh nghiệp phải hạ giá để cạnh tranh.

Khi khách hàng là người tiêu dùng

Người tiêu dùng không khấu trừ thuế, nên họ chỉ quan tâm tới giá cuối cùng. Khi đó cần so sánh số thuế phải nộp của hai cách: tính trực tiếp nộp theo tỷ lệ trên toàn bộ doanh thu, bất kể lãi hay lỗ; khấu trừ chỉ nộp trên phần chênh lệch giữa thuế đầu ra và thuế đầu vào. Doanh nghiệp có biên lợi nhuận thấp hoặc chi phí đầu vào lớn thường có lợi hơn khi khấu trừ.

Khi giai đoạn đầu cần đầu tư nhiều

Năm đầu thường có chi phí lớn cho thuê mặt bằng, sửa chữa, trang thiết bị. Áp dụng khấu trừ, thuế đầu vào của các khoản này được ghi nhận và chuyển sang các kỳ sau để trừ vào thuế đầu ra khi bắt đầu bán hàng. Áp dụng tính trực tiếp, phần thuế đầu vào này không được khấu trừ.

Năm câu hỏi giám đốc nên trả lời trước khi chọn

• Khách hàng chính của doanh nghiệp là doanh nghiệp hay người tiêu dùng?
• Trong năm đầu, chi phí đầu vào có hóa đơn giá trị gia tăng (thuê văn phòng, thiết bị, nguyên vật liệu) chiếm bao nhiêu so với doanh thu dự kiến?
• Biên lợi nhuận gộp dự kiến cao hay thấp?
• Doanh thu năm đầu có khả năng vượt 01 tỷ đồng không?
• Doanh nghiệp đã sẵn sàng vận hành đầy đủ sổ sách kế toán, hóa đơn, chứng từ ngay từ đầu chưa?

Nếu câu trả lời nghiêng về khách hàng doanh nghiệp, chi phí đầu vào lớn hoặc biên lợi nhuận thấp, khấu trừ thường là lựa chọn phù hợp. Các nghĩa vụ thuế khác của năm đầu xem Cẩm nang hiểu biết về thuế giám đốc doanh nghiệp mới cần nắm.

Đã chọn thì giữ trong bao lâu?

Khi phương pháp tính thuế được xác định theo doanh thu, thời gian áp dụng ổn định là 02 năm liên tục (điểm a khoản 1 Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP); doanh nghiệp mới có doanh thu ước tính dưới 01 tỷ đồng tính trực tiếp trong 02 năm, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện khấu trừ (điểm b khoản 1 Điều 21). Vì vậy nên quyết định ngay từ đầu, thay vì chờ năm sau mới điều chỉnh.