Cẩm nang | Toàn diện về quản lý Hóa đơn & Chứng từ điện tử

Trong bối cảnh cơ quan quản lý đang đẩy mạnh cải cách chính sách thuế và tăng cường ứng dụng công nghệ nhằm xây dựng một môi trường kinh doanh minh bạch, công bằng và hiện đại, hệ thống quy định về hóa đơn, chứng từ điện tử và quản lý thuế đã có nhiều thay đổi quan trọng. Đây không chỉ là yêu cầu về tuân thủ pháp luật mà còn là yếu tố tác động trực tiếp đến hoạt động quản trị, kê khai và kiểm soát rủi ro của doanh nghiệp.

Để giúp doanh nghiệp hiểu đúng bản chất quy định, cập nhật kịp thời các thay đổi và áp dụng hiệu quả trong thực tiễn, Expertis biên soạn Cẩm nang toàn diện về Quản lý Hóa đơn & Chứng từ điện tử trên cơ sở hệ thống hóa các quy định mới nhất từ Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Nghị định 254/2026/NĐ-CP, Thông tư 91/2026/TT-BTC và Công văn 5061/CT-CS.

Cẩm nang được thiết kế theo hướng dễ tra cứu – dễ hiểu – dễ áp dụng, không chỉ tổng hợp các quy định pháp lý mà còn phân tích những điểm trọng yếu, bản chất và lưu ý quan trọng trong quá trình lập, quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ điện tử. Đây sẽ là tài liệu tham khảo hữu ích, hỗ trợ doanh nghiệp nâng cao hiệu quả quản trị thuế, giảm thiểu rủi ro và đáp ứng tốt các yêu cầu của cơ quan quản lý trong giai đoạn mới.

1. Các đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử

Tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và các trường hợp rủi ro cao về thuế theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.
Doanh nghiệp kinh doanh ở lĩnh vực điện lực, xăng dầu, bưu chính, viễn thông, nước sạch, tài chính ngân hàng, chứng khoán, tài sản mã hóa, dịch vụ hỗ trợ giao dịch trên sàn giao dịch các-bon, bảo hiểm, y tế, kinh doanh thương mại điện tử, kinh doanh siêu thị, thương mại, vận tải hàng không, đường bộ, đường sắt, đường biển, đường thủy và tổ chức kinh tế đã hoặc sẽ thực hiện giao dịch với cơ quan thuế bằng phương tiện điện tử, xây dựng hạ tầng công nghệ thông tin, có hệ thống phần mềm kế toán, phần mềm lập hóa đơn điện tử đáp ứng lập, tra cứu hóa đơn điện tử, lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử theo quy định, bảo đảm việc truyền dữ liệu hóa đơn điện tử đến người mua và đến cơ quan thuế thì được sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trừ trường hợp rủi ro cao về thuế theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính và trường hợp đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.
Tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, trong đó có bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng (trung tâm thương mại; siêu thị; bán lẻ (trừ ô tô, mô tô, xe máy và xe có động cơ khác); ăn uống; nhà hàng; khách sạn; dịch vụ vận tải hành khách, dịch vụ hỗ trợ trực tiếp cho vận tải đường bộ, dịch vụ nghệ thuật, vui chơi, giải trí, hoạt động chiếu phim, dịch vụ phục vụ cá nhân khác theo quy định về Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam) sử dụng hóa đơn điện tử từ máy tính tiền.
Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm trên 01 tỷ đồng hoặc hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh bán tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng thì phải áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

💡 Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thuộc trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử mà có nhu cầu sử dụng hóa đơn điện tử thì đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

2. Hướng dẫn Đăng ký sử dụng Hóa đơn điện tử (HĐĐT)

Quy trình thực hiện: Đăng ký hoặc thay đổi thông tin qua tổ chức cung cấp dịch vụ HĐĐT hoặc Cổng thông tin của cơ quan thuế.
Thời gian phản hồi: Trong vòng 01 ngày làm việc, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận.
Lưu ý về định danh: Hệ thống sẽ tự động đối chiếu thông tin sinh trắc học của người đại diện pháp luật với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư.
Mẫu đăng ký: Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT Phụ lục III kèm theo Thông tư 91/2026.

3. Thời điểm lập hóa đơn điện tử

Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định thời điểm lập hóa đơn đối với buôn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ là thời điểm chuyển giao hoặc hoàn thành, không phân biệt đã thu tiền hay chưa.

BÁN HÀNG HÓA

Lập tại thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua — không phân biệt đã thu tiền hay chưa; bao gồm cả bán, chuyển nhượng tài sản công và hàng dự trữ quốc gia. Riêng xuất khẩu (kể cả gia công xuất khẩu): người bán tự xác định thời điểm, nhưng chậm nhất không quá ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày hàng hóa được thông quan.

CUNG CẤP DỊCH VỤ

Lập tại thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ — không phân biệt đã thu tiền hay chưa; bao gồm cả cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài. Nếu thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp: lập tại thời điểm thu tiền. Tiền đặt cọc bảo đảm thực hiện hợp đồng theo Bộ luật Dân sự thì không phải lập hóa đơn.

Trường hợp giao hàng nhiều lần hoặc bàn giao theo từng hạng mục, công đoạn dịch vụ: mỗi lần giao đều phải lập hóa đơn tương ứng với khối lượng, giá trị giao. Trường hợp người bán không có phần mềm lập hóa đơn tự động mà phát sinh giao dịch trong giờ làm việc ban đêm, hóa đơn được lập chậm nhất vào ngày làm việc tiếp theo.

4. Hóa đơn điện tử lập sai

Hoá đơn điện tử đã lập có sai sót là hóa đơn đã được lập và gửi cho người mua hoặc đã gửi cơ quan thuế cấp mã (hoặc không mã), nhưng chứa thông tin không chính xác hoặc không đúng quy định.

Các trường hợp hoá đơn lập sai thường gặp:

Trường hợp sai về các nội dung trên hóa đơn như tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc các nội dung khác nhưng không sai về: mã số thuế, số tiền ghi trên hóa đơn, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn
Trường hợp hóa đơn điện tử đã lập sai các nội dung về: mã số thuế; tên hàng hóa, hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng; số tiền ghi trên hóa đơn; thuế suất; tiền thuế hoặc các nội dung bắt buộc khác

Tùy vào trường hợp hóa đơn điện tử lập sai sẽ có cách thức xử lý, thông báo và kê khai tương ứng. Do đó, trước khi tiến hành xử lý hóa đơn sai, doanh nghiệp cần xác định đúng trường hợp của mình để áp dụng phương thức xử lý phù hợp.

5. Hiểu đúng về kỳ phát sinh sai, sót và kỳ phát hiện sai, sót

Để xử lý hóa đơn điện tử lập sai sót, ngoài việc xử lý liên quan trực tiếp đến hóa đơn sai còn phải xử lý vấn đề về kê khai liên quan đến các hóa đơn này. Và để xử lý vấn đề kê khai chính xác thì cần phải hiểu về kỳ phát sinh sai, sót và kỳ phát hiện sai, sót.

Trong các quy định hiện hành, không định nghĩa cụ thể về “kỳ phát sinh sai, sót” và “kỳ phát hiện sai, sót”, nhưng có thể nói một cách dễ hiểu:

Kỳ phát sinh sai, sót: Là tháng hoặc quý mà phát sinh hóa đơn ban đầu và là thời điểm lẽ ra số liệu phải được kê khai, ghi nhận đúng.
Kỳ phát hiện sai, sót: Là tháng hoặc quý mà doanh nghiệp phát hiện ra hóa đơn sai, sót và thực hiện điều chỉnh/thay thế.

Ví dụ: hóa đơn gốc lập ngày 15/4/2026 và thời điểm phát hiện hóa đơn này có sai, sót là ngày 22/7/2026 thì:

Kỳ phát sinh sai, sót là tháng 4/2026 đối với doanh nghiệp kê khai theo tháng, hoặc quý II/2026 đối với doanh nghiệp kê khai theo quý.
Kỳ phát hiện sai, sót là tháng 7/2026 đối với doanh nghiệp kê khai theo tháng, hoặc quý III/2026 nếu doanh nghiệp kê khai theo quý.

6. Nguyên tắc xác định kỳ thực hiện khai bổ sung

Căn cứ Khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 108/2025 quy định thì: Khi doanh nghiệp phát hiện hóa đơn đã lập có sai, sót phải thực hiện khai bổ sung cho kỳ phát sinh sai sót.

Cách khai bổ sung cụ thể ra sao sẽ tùy thuộc vào việc khai bổ sung này ảnh hưởng đến số thuế phải nộp, các khoản thu khác phải nộp, số thuế GTGT còn được khấu trừ của doanh nghiệp ra sao, cụ thể như sau:

Nếu khai bổ sung làm TĂNG tiền thuế phải nộp (hoặc giảm số thuế đã được miễn/giảm/hoàn): khai bổ sung vào kỳ phát sinh sai, sót và phải nộp ngay số tiền thuế chênh lệch tăng thêm (hoặc trả lại tiền thuế đã được hoàn/miễn/giảm thừa) vào ngân sách nhà nước cùng với tiền chậm nộp.
Nếu khai bổ sung làm GIẢM tiền thuế phải nộp: khai bổ sung vào kỳ phát sinh sai, sót và số tiền chậm nộp tương ứng với phần tiền thuế giảm xuống sẽ được điều chỉnh giảm theo. Số tiền thuế đã nộp thừa ra do khai giảm sẽ được xử lý theo quy định và được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp.

⚠️ Xử lý riêng với Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) được khấu trừ

Thuế GTGT có cơ chế khấu trừ chuyển kỳ sau nên quy tắc khai bổ sung như sau:

Tăng/Giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau: Khác với nghĩa vụ nộp tiền, phần chênh lệch tăng hoặc giảm thuế khấu trừ này doanh nghiệp sẽ kê khai bổ sung trực tiếp vào Tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.
Đối với trường hợp muốn khai bổ sung tăng số thuế GTGT đề nghị hoàn: Doanh nghiệp chỉ được phép làm việc này khi CHƯA nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho cơ quan thuế. Nếu đã nộp hồ sơ hoàn thuế rồi thì không được khai bổ sung tăng số tiền đề nghị hoàn nữa.

7. Xử lý Hóa đơn điện tử đã lập sai

Trường hợp sai sót	Bản chất	Cách xử lý	Kê khai/Thông báo	Hồ sơ cần lưu trữ
1. Trường hợp sai về các nội dung trên hóa đơn nhưng không sai về: mã số thuế, số tiền ghi trên hóa đơn, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn.	Không ảnh hưởng đến số thuế và các thông tin dùng để kê khai thuế trước đó.	Người bán thông báo cho người mua về việc hóa đơn đã lập sai và không phải lập lại hóa đơn.	Người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế về hóa đơn điện tử đã lập sai theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT Phụ lục III kèm theo Thông tư 91/2026.	Hóa đơn đã xuất, thông báo cho người mua.
2. Trường hợp hóa đơn điện tử đã lập sai các nội dung về: mã số thuế; tên hàng hóa, hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng; số tiền ghi trên hóa đơn; thuế suất; tiền thuế.	Sai thông tin liên qua đến kê khai thuế và nộp thuế trước đó.	Người bán có thể lựa chọn điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử. Trước khi điều chỉnh, thay thế hóa đơn điện tử đã lập sai thì: ▪️Trường hợp người mua là tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thì người bán và người mua phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai; ▪️Trường hợp người mua là cá nhân thì người bán phải thông báo cho người mua hoặc thông báo trên website của người bán (nếu có).	Ảnh hưởng thuế phải nộp > khai bổ sung cho kỳ phát sinh sai sót. Ảnh hưởng số thuế GTGT còn khấu trừ > khai bổ sung cho kỳ phát hiện sai sót.	Hóa đơn đã xuất, hóa đơn điều chỉnh/thay thế. Người bán thực hiện lưu giữ văn bản thỏa thuận tại đơn vị và xuất trình khi cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu.
3. Hàng bán bị trả lại.	Giao dịch phát sinh sau bán hàng.	Người bán lập hóa đơn điều chỉnh, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận về việc người mua lập hóa đơn khi trả lại hàng hóa thì người mua lập hóa đơn điện tử giao cho người bán	Người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.	Biên bản trả hàng, hóa đơn.
4. Chiết khấu thương mại cuối kỳ.	Phát sinh sau giao dịch.	Người bán thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh.	Người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.	Bảng đối chiếu doanh số, hóa đơn.
5. Quyết toán giảm/tăng giá trị hợp đồng.	Điều chỉnh theo quyết toán, thay đổi giá trị hợp đồng sau nghiệm thu, hoàn thành.	Người bán thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh tăng/giảm.	Người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.	Hồ sơ quyết toán, biên bản nghiệm thu, các hóa đơn đã xuất.
6. Trường hợp người bán đã lập hóa đơn khi thu tiền trước khi cung cấp dịch vụ, sau đó phát sinh việc huỷ hoặc chấm dứt giao dịch và huỷ một phần việc cung cấp dịch vụ.	Phát sinh sau giao dịch.	Người bán thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh.	Người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.	Biên bản hủy, chấm dứt dịch vụ, hóa đơn đã xuất.
7. Hóa đơn điện tử đã lập sai là hóa đơn điện tử từ máy tính tiền hoặc hóa đơn điện tử bán hàng hóa là tài sản thuộc diện phải đăng ký quyền sở hữu, sử dụng tài sản.	Sai thông tin liên quan đến khai báo về dữ liệu bán hàng, đăng ký sở hữu tài sản.	Người bán lập hóa đơn thay thế cho hóa đơn đã lập sai, trừ trường hợp nếu người mua trả lại hàng là đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử thì người mua thực hiện lập hóa đơn trả lại hàng cho người bán.	Kỳ phát sinh sai sót.	/

⚠️ Lưu ý:

Trường hợp trong tháng người bán đã lập sai cùng thông tin về người mua, tên hàng, đơn giá, số lượng, thuế suất trên nhiều hóa đơn của cùng một người mua trong cùng tháng, thì người bán được lập một hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế cho nhiều hóa đơn điện tử đã lập sai trong cùng tháng và đính kèm bảng kê các hóa đơn điện tử đã lập sai theo Mẫu số 01/BK-ĐCTT Phụ lục III Thông tư 91/2026.

8. Quy định về Ủy nhiệm lập hóa đơn

Nguyên tắc: Việc ủy nhiệm phải lập bằng văn bản (hợp đồng/thỏa thuận) và thông báo với cơ quan thuế khi đăng ký sử dụng HĐĐT.
Nội dung trên hóa đơn: Phải thể hiện đầy đủ tên, địa chỉ, MST của cả bên ủy nhiệm và bên nhận ủy nhiệm.
Trách nhiệm: Cả hai bên phải niêm yết việc ủy nhiệm công khai trên website hoặc phương tiện thông tin đại chúng.

9. Chứng từ điện tử (Khấu trừ thuế TNCN & Biên lai)

Đăng ký sử dụng: Thực hiện qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ.
Thời điểm cấp: Tại thời điểm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, thời điểm thu thuế, phí, lệ phí, tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí, phải lập chứng từ, biên lai giao cho người nộp thuế, phí, lệ phí.

⚠️ Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập lập chứng từ khấu trừ thuế cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc lập một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một năm tính thuế khi cá nhân yêu cầu. Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên, tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ lập một chứng từ khấu trừ thuế trong một năm tính thuế.

10. Tra cứu thông tin & Chương trình khuyến khích

Tra cứu: NNT có thể đăng ký tài khoản để khai thác dữ liệu trên Hệ thống thông tin quản lý thuế với thời hạn sử dụng 12 tháng mỗi lần cấp.
Hóa đơn may mắn: Chương trình trao thưởng bằng tiền hàng tháng và cuối năm dành cho người mua là cá nhân tiêu dùng để khuyến khích thói quen lấy hóa đơn.
Khen thưởng: Người tiêu dùng tố giác người bán không lập hóa đơn sẽ được xem xét khen thưởng theo trình tự quy định.